ANALISIS IN SILICO PENGARUH MUTASI MISSENSE TERHADAP FUNGSI NUKLEOKAPSID PROTEIN PADA SARS-CoV-2 DI INDONESIA MENGGUNAKAN PENDEKATAN BIOINFORMATIKA
| Main Author: | Sayyidatina 'Aathirah, A |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2021
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/185248/1/SKRIPSI_FTP_A%20SAYYIDATINA%20AATHIRAH_175100507111001%20-%20A%20SAYYIDATINA%20%60AATHIRAH.pdf http://repository.ub.ac.id/185248/ |
Daftar Isi:
- Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) merupakan pandemi yang disebabkan oleh coronavirus baru (SARS-CoV-2). Beberapa penelitian telah membuktikan terjadinya mutasi pada beberapa protein pada SARS-CoV-2, salah satunya yaitu nukleokapsid protein (N protein) yang merupakan salah satu protein struktural utama yang menjadi sentral dari virion, memiliki fungsi-fungsi yang krusial, dan memiliki kemampuan menginduksi respon imun sehingga menjadikannya sebagai potensi target utama untuk diagnosis dan pengembangan vaksin. Penelitian ini bertujuan untuk menguji keberadaan mutasi tersebut dan juga pengaruhnya terhadap fungsi N protein. Pada penelitian ini sampel yang digunakan sebanyak 40 sekuens sampel N protein SARS-CoV-2 yang berasal dari 27 provinsi, diuji keberadaan mutasi missense nya dan dibandingkan fungsi proteinnya dengan sekuens referensi dari pasien pertama asal Wuhan-China (EPI_ISL_406716) melalui pendekatan bioinformatika yaitu sequences translation, sequences alignment, dan structure & function predictions menggunakan tools berupa Expasy, Clustal Omega, dan I-TASSER. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 24 dari 40 sekuens sampel N protein mengalami mutasi missense di 19 titik asam amino yang sebagian besar mengubah sifat kepolaran atau muatan asam amino. Missense S194L, S202G, dan R209I diprediksi memiliki probabilitas yang tinggi untuk merusak fungsi N protein SARS-CoV-2. Missense pada sekuens N protein SARS-CoV-2 yang dianalisis diprediksi dapat mempengaruhi mekanisme replikasi, perakitan kapsid, pengikatan dan pembungkusan RNA, proses entri dan invasi sel inang, sistem pensinyalan, dan juga penginduksian respon imun sel inang oleh N protein.