ALGORITMA NEEDLEMAN-WUNSCH DALAM MENENTUKAN TINGKAT KEMIRIPAN URUTAN DNA RUSA TIMOR (Cervus timorensis) DAN RUSA MERAH (Cervus elaphus)
| Main Author: | HIBBAN, KHOLIQ |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2020
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://eprints.unram.ac.id/16125/1/SKRIPSI%20HIBBAN%20BARU%20ACC.pdf http://eprints.unram.ac.id/16125/ |
Daftar Isi:
- Penjajaran urutan (Sequence alignment) merupakan metode dasar dalam analisis urutan. Metode ini digunakan untuk mengetahui tingkat kemiripan urutan DNA. Algoritma Needleman-Wunsch merupakan salah satu algoritma yang dapat digunakan untuk menyelasaikan permasalahan penjajaran urutan. Menggunakan konsep program dinamik membuat algoritma ini dapat menyelesaikan masalah rumit dengan sangat sederhana. Pada penelitian ini ditunjukkan bahwa relasi T(i , j) yang digunakan dalam algoritma Needleman-Wunsch merupakan fungsi di mana T: (N0 X N0) → Z. Lebih jauh, fungsi T(i , j) merupakan fungsi rekursif di mana dalam definisinya T(i , j) mengacu pada dirinya sendiri. Selanjutnya, data urutan DNA yang digunakan adalah urutan DNA dari Rusa Timor yang merupakan identitas provinsi Nusa Tenggara Barat dan Rusa Merah yang merupakan Rusa khas dari benua Eropa sebagai pembanding. Data urutan DNA tersebut diperoleh dari BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Diperoleh penjajaran yang paling optimal dengan terbentuk 666 urutan pasangan basa dengan 322 match, 230 missmatch, dan 114 gap, artinya kedua urutan DNA tersebut memilik kemiripan sebesar 48% (322/666).