Filogeografi Genus Cicak Pohon (Squamata; Gekkonidae; Hemidactylus) Di Jawa Dan Sumatra Berdasarkan Analisis Morfologi Dan Molekuler Gen Natrium Dehydrogenase 4 (Nd4)
| Main Author: | Ardiantoro, Ari |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2017
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/4295/ |
Daftar Isi:
- Filogeografi merupakan kajian ilmu filogenetik dan biogeografi yang mengungkap terjadinya peristiwa spesiasi dan evolusi. Sekitar 10.000 tahun yang lalu pada masa Miosen, wilayah Indonesia terbagi menjadi wilayah sundaland dan lesser sunda, sehingga hal tersebut berpengaruh terhadap genus Hemidactylus. Tujuan dari penelitian ini adalah merumuskan hubungan kekerabatan genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra berdasarkan tingkat variasi genetik gen ND4, menentukan distribusi anggota genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra akibat konstruksi sundaland berdasarkan analisis gen ND4, dan menentukan karakter morfologi genus Hemidactylus di Jawa dan Sumatra. Tahapan dalam penelitian ini meliputi deskripsi lokasi penelitian, pengambilan dan sortir sampel, preservasi dan pengambilan jaringan, isolasi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR), uji kualitatif, sekuensing DNA, rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan analisis Maximum-likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP) dengan aplikasi PAUP 4.0 dan Analisis Bayesian Inference (BI) menggunakan aplikasi MrBayes, serta analisis morfologi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter morfologi Hemidactylus dari Jawa dan Sumatra memiliki perbedaan dari segi sisik dagu dan bentuk Femoral. Sedangkan rekonstruksi pohon filogenetik ML, MP, dan BI memiliki topologi pohon yang sama, sehingga dapat direkonstruksi menjadi satu pohon filogenetik yang menunjukkan bahwa Hemidactylus merupakan kelompok monofiletik yang terbagi atas 2 clade besar (A dan B) yang memiliki nilai P-distance sebesar 0%-6%. Haplotype network juga menghasilkan perbedaan basa yang signifikan antara Hemidactylus frenatus dari masing-masing wilayah yaitu sebesar 29-40 basa.