Analisa Kekerabatan Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus) Berdasarkan Sekuen Gen Cytochrome Oxidase I (CO I) DNA Mitokondria Dengan Metode Polymerase Chain Reaction
| Main Author: | Puspita, Alida Vidya |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2017
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/3997/ |
Daftar Isi:
- Orangutan Kalimantan merupakan salah satu satwa yang termasuk dalam kategori terancam punah. Telah banyak upaya yang dilakukan untuk menghindari kepunahan Orangutan Kalimantan seperti pusat rehabilitasi Orangutan. Namun, terdapat kendala dalam pelepasliaran Orangutan Kalimantan hasil rescue, berupa kesulitan dalam menentukan daerah asal dari Orangutan hasil rescue karena tidak diketahui hubungan kekerabatan antar Orangutan Kalimantan, serta habitat hutan asalnya. Hal ini sangat penting karena dalam pelepasliaran harus sesuai dengan daerah asal. DNA mitokondria dapat digunakan untuk menentukan kekerabatan orangutan sehingga membantu program konservasi. Gen Cytochrome Oxidase I dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui kekerabatan genetik Orangutan Kalimantan hasil rescue di Pusat Rehabilitasi Centre For Orangutan Protection. Penelitian ini menggunakan 4 sampel darah Orangutan Kalimantan, yaitu O2 dan O3 yang berumur 1 tahun, O6 berumur 5 tahun dan O3 yang berumur 7 tahun. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah menganalisa kekerabatan Orangutan Kalimantan menggunakan Polymerase Chain Reaction dengan cara mengisolasi DNA dari sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer Forward (COI_F) 5„-CCTCCTTTCTCCTACTGCTC-3‟ dan Reverse (COI_R) 5„-CTAGGACTGGGAGGGAAAGG -3‟dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap produk PCR. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 6.06 dengan metode Neighboor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Pairwise Distances. Hasil penelitian menunjukkan bahwa O3 dan O5 membentuk cladenya masing-masing dengan jarak genetik sebesar 3,9%. O3 memiliki jarak genetik 1,5% terhadap referensi sehingga diduga berasal dari subpopulasi yang sama, sedangkan O5 memiliki jarak genetik 2,5% sehingga diduga berasal dari subpopulasi yang berbeda dengan referensi. Kesimpulan dari penelitian ini adalah O3 dan O5 berasal dari subpopulasi dan daerah yang berbeda sehingga diharapkan tidak direlease dalam kelompok yang sama untuk menjaga keragaman subpopulasi.