Analisa Kekerabatan Sapi Jaliteng (Jawa Bali Banteng) Melalui Identifikasi Gen D-Loop (Displacement Loop) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
| Main Author: | Setiawan, Aditya |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2017
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/3854/ |
Daftar Isi:
- Sapi Jaliteng merupakan hasil kawin silang dari Banteng Jawa dengan Sapi Bali. Kekerabatan antar spesies dapat digunakan sebagai langkah awal dalam peningkatan mutu genetik. Analisis DNA mitokondria merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik melalui gen D-Loop (Displacement Loop).Penelitian ini bertujuan untuk menentukan hubungan kekerabatan Sapi Jaliteng dengan Banteng Jawa dan Sapi Bali berdasarkan identifikasi gen D-Loop dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). DNA diisolasi menggunakan Qiagen Qiaamp Mini Kit melalui sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian gen D-Loop dalam DNA mitokondria diamplifikasi dengan menggunakan teknik PCR dengan primer Forward (Primer_1_F) „GCATCTTGAGCACCAGCATA‟ dan Reverse (Primer_1_R) „GGGCCTGCGCTTATATATTG‟, kemudian dilakukan uji kualitas PCR, purifikasi PCR, dan dilakukan sekuensing produk PCR serta analisa data dengan menggunakan software BioEdit dan NCBI BLAST.Hasil penelitian menunjukkan adanya mutasi tranversi pada urutan nukleotida ke-205 dan insersi pada urutan nukleotida ke-207 sampel Sapi Bali terhadap Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 dan JQ002668.1. Sampel Sapi Jaliteng menunjukkan adanya gap pada urutan nukletoda ke-276 dan 277. Analisa pohon filogenetik dan pairwise distancemenunjukkan Sapi Jaliteng memiliki jarak genetik 0.000 terhadap Database Bos javanicus Locus JQ002670.1 dan JQ002668.1 serta memiliki jarak genetik 0.006 terhadap Sampel DNA Sapi Bali, maka dapat disimpulkan bahwa Sapi Jaliteng lebih berkerabat dengan Banteng Jawa dibandingkan dengan Sapi Bali.