Optimasi Markah SCAR Berdasarkan Pengembangan Primer SCoT Untuk Deteksi Kandungan Capsaicin pada Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L.)
| Main Authors: | Ayukusuma, Monika Dinda Larasita, Dr.Ir. Joni Kusnadi,, M. Si, Prof. Dr. Ir. Estri Laras Arumingtyas,, M. Sc. St |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2022
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/id/eprint/196163/1/Monika%20Dinda%20Larasita%20Ayukusuma.pdf http://repository.ub.ac.id/id/eprint/196163/ |
Daftar Isi:
- Cabai rawit (Capsicum frutescens L.) merupakan tanaman yang memiliki peran penting dan mendominasi kebutuhan pangan masyarakat Indonesia, maka pemuliaan tanaman banyak dilakukan salah satunya dengan metode induksi mutasi kimia EMS (Ethyl Methane Sulfonate). Hasil mutasi EMS pada cabai rawit Cakra Hijau G1/01 telah menghasilkan galur baru M8 dan M14 dengan sejumlah kelebihan serta variasi kandungan Capsaicin yang berbeda. Capsaicin merupakan senyawa metabolit sekunder yang memberikan sensasi rasa pedas pada saat mengonsumsi cabai. Tahapan seleksi yang cepat dan akurat dibutuhkan untuk mendukung analisis variasi serta validasi hasil pemuliaan tanaman. Seleksi dengan menggunakan markah molekuler dinilai lebih cepat, stabil dan efektif. Penelitian ini mengembangkan markah SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) berbasis SCoT (Start Codon Targeted) untuk identifikasi dan analisis tingkat kandungan Capsaicin yang berbeda pada tanaman cabai rawit. Pada penelitian ini akan diujikan sampel tanaman cabai rawit G1/01 galur M8 (rendah Capsaicin) dan M14 (tinggi Capsaicin) menggunakan 11 primer SCoT. Tahapan pengembangan markah SCAR dimulai dengan isolasi DNA menggunakan metode buffer CTAB, amplifikasi PCR dengan primer SCoT serta elektroforesis dan visualisasi menggunakan GelDoc, sekuensing, desain markah SCAR-SCoT, serta amplifikasi akhir untuk proses validasi dan analisis markah SCAR-SCoT. Berdasarkan hasil analisa, dipilih 1 pita DNA polimorfik dari sampel M8 pada primer S15 dengan ukuran basa 400 bp untuk dilakukan sekuensing dan desain markah SCAR. Melalui tahapan desain primer, dihasilkan primer P1 dan P11. Berdasarkan analisa, primer P1 berhasil mendeteksi adanya pita polimorfik (pita yang berbeda) pada sampel M8 dengan ukuran basa 400 bp yang teramplifikasi dengan suhu annealing 51°C,52°C, 55°C, serta 56°C.