Keragaman Genetik Bulu Babi Tripneutes Gratilla (Linnaeus, 1758) Di Perairan Pantai Desa Tablolong, Kupang Barat Dan Di Perairan Desa Lambakara, Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur (Ntt)
| Main Authors: | Nomleni, Aryok, Dr. Ir. Maheno Sri Widodo,, MS, Dr. Yuni Kilawati,, S.Pi., M.Si |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2020
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/id/eprint/193583/1/ARYOK%20NOMLENI.pdf http://repository.ub.ac.id/id/eprint/193583/ |
Daftar Isi:
- Tripneustes gratilla (Linnaeus, 1758) adalah Bulu babi yang hidup di perairan dangkal yang tersebar luas di Indo-Pasifik tropis dan juga di perairan pantai Nusa Tenggara Timur (NTT). Bulu babi (Sea urchin) jenis Tripneustes gratilla L merupakan salah satu jenis biota laut yang memiliki nilai ekonomis penting. Aktivitas pemanfaatan Bulu babi dapat menurunkan kualitas dan kuantitas stok, sehingga perlu adanya pengkajian keragaman genetik untuk pengembangan breeding dalam usaha budidaya dan konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik, konektivitas dan hubungan kekerabatan Bulu babi dari dua populasi di perairan NTT. Sebanyak 22 sampel jaringan gonad dari Bulu babi dikumpulkan dari dua populasi di Perairan Kupang sebanyak 8 sampel dan sebanyak 14 sampel dari Perairan Sumba. Sampel diisolasi DNA genom menggunakan metode KIT GENE AID dengan mengunakan bahan GO TAQ Green PCR Mix dan pasangan primer universal LCO1490 dan HCO2198 untuk mengetahui ekspresi gen COI yang diamplifikasi (PCR). Hasil PCR dikirim ke First Base CO (Malaysia) untuk disekuen. Panjang sekuen hasil sekuensing gen COI genus Tripneustes dari Perairan NTT menggunakan primer universal LCO1490 dan HCO2198 adalah 690 bp. Sampel tersebut teridentifikasi sebagai T. gratilla dengan nilai Query Cover 100%, E- value 0.0 and Identity Value 99-100%. Dengan demikian dapat diketahui bahwa keragaman genetik populasi Bulu babi pada perairan Kupang dan Sumba masing-masing sebesar 0,82143 dan 0,83516 sedangkan nilai keragaman nukleotida masing-masing bernilai 0,00591 dan 0,00516. Nilai keragaman genetik dan keragaman nukloetida yang tinggi didapatkan antar kedua populasi masing-masing sebesar 0,83550 dan 0,0542. Total jarak genetik berkisar antara antara 0.000-0.010. Semua jarak genetik populasi masih tergolong rendah karena jarak genetik kurang dari 0.010-0.099 dan termasuk dalam kategori rendah. Nilai 0.000 menunjukkan bahwa dari 1000 pasang basa, tidak satupun terdapat pasangan basa yang berbeda. Kedekatan jarak genetik ini menyebabkan adanya konektivitas antar kedua populasi karena terdapat aliran gen (gane flow). Hasil analisis fiksasi indeks (Fst) Tripneustes gratilla di perairan Sumba dan Kupang adalah 0.0083 dengan p-value 0.4486 (p>0.005) menunjukkan tidak ada perbedaan genetik yang signifikan dari kedua populasi. Berdasarkan analisis filogenetik ditemukan bahwa, populasi di perairan Kupang, Sumba dan beberapa wilayah (outgroup) memiliki kedekatan secara genetik. Perlu adanya tindakan upaya konservasi di kedua wilayah Kupang dan Sumba agar keragaman genetik Bulu babi T. gratilla tetap tinggi.