Analisis Filogenetik dan Jejaring Haplotype Ikan Gabus (Channa gachua) Berdasarkan DNA Mitokondria Region Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Daerah Aliran Sungai (DAS) Bengawan Solo, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah
| Main Authors: | Amanda, Talitha, Wahyu Endra Kusuma, S.Pi., MP., D.Sc., Aulia Rahmawati, S.P, M.Sc |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2022
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/id/eprint/192707/1/Talitha%20Amanda.pdf http://repository.ub.ac.id/id/eprint/192707/ |
Daftar Isi:
- Sungai Bengawan Solo merupakan sungai terpanjang di Pulau Jawa yang alirannya melintasi Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah. Salah satu daerah di Kabupaten Wonogiri yang dilewati Sungai Bengawan Solo adalah Desa Tempurharjo, Kecamatan Ngadirejo dan Desa Bangsri, Kecamatan Purwantoro. Salah satu komoditas yang ditemukan di Sungai Bengawan Solo adalah genus Channa spesies Channa gachua (ikan gabus). Ikan gabus memiliki daya Tarik berupa coraknya yang indah serta masyarakat memanfaatkannya sebagai ikan hias. Selain itu, kandungan albuminnya tinggi sehingga dapat dijadikan obat. Atas alasan ini, masyarakat melakukan penangkapan ikan gabus di alam sehingga terjadi eksploitasi yang mengancam kelestarian populasi ikan gabus. Diperlukan upaya konservasi dan domestikasi dengan mengidentifikasi asal-usul ikan gabus sehingga pembudidaya dapat menentukan langkah pemuliaan yang tepat untuk menjaga populasi ikan gabus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis hubungan kekerabatan C. gachua di wilayah Daerah Aliran Sungai Bengawan Solo, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah yang dilakukan dengan studi filogenetik dan jejaring haplotype. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Hidrobiologi Divisi Sumberdaya Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan serta Laboratorium Diversitas Hewan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya. Penelitian ini menggunakan parameter jarak genetik, clade, bootstrap, similaritas dan hubungan kekerabatan. Hasil analisis yang didapatkan yaitu ikan C. gachua memiliki panjang basa sekitar 655 bp dengan query cover pada hasil BLAST sebesar 99,85-100%. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik C. gachua terbagi menjadi 4 clade dengan 3 ingroup dan 1 outgroup (C. striata). Hasil jarak genetik intrapopulasi Wonogiri didapatkan persentase 0-1,08% menandakan C. gachua Wonogiri berada dalam 1 kelompok. Jarak genetik interpopulasi terendah adalah kelompok 1 dan 2 sebesar 3,6%. Nilai tertinggi adalah antara kelompok 2 dan outgroup sebesar 21,1%. Hasil analisis menunjukkan antar kelompok berkerabat cukup jauh dan tidak berasal dari nenek moyang yang sama. Jejaring haplotype menunjukkan C. gachua Wonogiri memiliki 3 haplotype berbeda, menandakan adanya variasi karena mutasi atau aliran gen.