Analisis Genom Chryseobacterium sp. A99 - Bakteri Pendegradasi Bulu dari Tanah Perakaran Mimosa pudica
| Main Authors: | Sherlyna, Fadilla, Tunjung Mahatmanto,, STP, M.Si, Ph.D, Mochamad Nurcholis,, STP, M.Si, Ph.D |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2022
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/id/eprint/191860/1/FADILLA%20SHERLYNA.pdf http://repository.ub.ac.id/id/eprint/191860/ |
Daftar Isi:
- Bulu merupakan limbah organik yang mengandung lebih dari 90% keratin. Keratin merupakan protein dengan ikatan silang disulfida yang membuat bulu menjadi kuat sehingga sulit didegradasi. Keratin tersusun oleh α-heliks (α-keratin) atau β-sheet (β-keratin) yang membuat keratin sangat stabil. Meskipun demikian, limbah bulu tetap dapat didegradasi menggunakan metode mekanis, kimia, dan biologi. Namun, metode mekanis dan kimia membutuhkan energi yang besar, menimbulkan masalah lingkungan, dan dapat merusak asam amino esensial dalam keratin sehingga dapat mengurangi kualitas dari protein tersebut. Maka dari itu, metode terbaik untuk mendegradasi limbah bulu adalah dengan menggunakan enzim protease. Pada penelitian ini, digunakan Chryseobacterium sp. A99 yang menghasilkan enzim-enzim pendegradasi keratin. Bakteri Chryseobacterium sp. A99 dianalisa dengan metode Whole Genome Sequencing (WGS) dan dianalisa lebih lanjut menggunakan BLAST gen 16S rRNA dan Average Nucleotide Identity (ANI) Taxonomy Check untuk mengidentifikasi spesies bakteri. Kemudian, protein dan enzim yang berguna dalam degradasi keratin diidentifikasi dengan menganalisa Clusters of Orthologous Groups (COG) melalui database eggNOG. Berdasarkan hasil penelitian, ditemukan bahwa Chryseobacterium sp. A99 merupakan bakteri genus Chryseobacterium dengan level spesies baru. Chryseobacterium sp. A99 ditemukan memiliki protein serta enzim-enzim yang membantu dalam degradasi bulu. Protein yang membantu dalam degradasi bulu merupakan protein dengan fungsi untuk memfasilitasi adhesi bakteri terhadap bulu. Protein tersebut adalah putative auto-transporter adhesin (head GIN domain), collagen-binding protein dan fibronektin tipe 3 (fn3). Enzim-enzim yang berfungsi untuk mendegradasi bulu atau keratin adalah serine protease, ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX, putative neutral zinc metallopeptidase, rhomboid family intramembrane serine protease, neutral zinc metallopeptidase, protease I (pfpI), membrane protease subunit HflK (hflK), dan rhomboid protease GluP (gluP), piridin nukleotida-disulfida oksidoreduktase, protein-disulfida reduktase, tiol-disulfida oksidoreduktase, tiol reduktase tioredoksin, dan tiol-disulfida isomerase.