Evaluasi Hasil PCR (Polymerase Chain Reaction) di Gen Chicken Growth Hormon dari Jaringan Segar dan Jaringan Terfiksasi NS Formalin 10% Otot Pectoralis dari Ayam Broiler
| Main Authors: | Nareswari, Made Venika, drh. Fajar Shodiq Permata, M.Biotech., Dra. Anna Roosdiana, M. App. Sc. |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2021
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/188757/1/Made%20Venika%20Nareswari%20%281%29.pdf http://repository.ub.ac.id/188757/ |
Daftar Isi:
- PCR (Polimerase Chain Reaction) adalah metode yang digunakan untuk melipat gandakan fragmen DNA. Metode ini merupakan salah satu teknik identifikasi penyakit yang cukup akurat dalam dunia medis. Untuk dapat melakukan proses amplifikasi dari suatu gen target, diperlukan template DNA yang mencukupi agar didapatkan hasil yang optimal. Otot pectoralis adalah otot yang aktif berproliferasi sehingga akan didapatkan hasil isolasi DNA yang cukup banyak. Hal ini dapat meningkatkan keberhasilan dari proses PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil PCR gen Chicken Growth Hormon dari dua metode penyimpanan sampel, yaitu dengan NS formalin 10% dan jaringan segar. Otot pectoralis kemudian diekstraksi dengan ThermoScientific GeneJET Genomic DNA Purification Kit dan dilanjutkan dengan metode PCR. PCR dilakukan dengan mencampurkan PCR mix sebanyak 5 μl dan NFW sebanyak 2,5 μl. Primer cGH1 sebagai forward (5’-TCCCAGGCTGCGTTTTGTTACTC-3’) dan cGH2 sebagai reverse (3’-ACGGGGGTGAGCCAGGACTG-5’) ditambahkan sebanyak 1 μl ke masing-masing PCR tube. Sampel dimasukkan kedalam Thermal Cycler selama 2 jam dengan suhu denaturasi 94° C, annealing 61° C dan extension 72° C, hasil PCR kemudian dilanjutkan uji elektroforesis untuk mendapatkan hasil kualitatif dan uji nano drop untuk mendapatkan hasil kuantitatif. Uji nanodrop dilakukan pada λ260/230 nm dan λ260/280 nm untuk kemudian dianalisis melalui T-independent test dengan tingkat kepercayaan 95% dan pembacaan hasil amplicon PCR Gen Chicken Growth Hormon melalui pembacaan pada UV transluminator. Hasil uji kuantitatif dengan menggunakan uji T menunjukkan hasil yang tidak berbeda signifikan (p>0.05). Kemudian uji kualitatif dilakukan dengan analisis visualisasi pita yang muncul pada pembacaan UV-tranluminator yaitu pada sampel otot segar 2 dan 3. Sampel otot formalin terlihat adanya pita amplicon pada sampel 1, 2, 3 dan 4 sedangkan sampel 5 tidak terlihat adanya pita amplicon DNA. Selanjutnya kedua sampel dihitung menggunakan persamaan garis regresi linear LogBP dan RF mendapatkan hasil 328 bp. Oleh karena itu, penggunaan formalin sebagai larutan fiksatif pada sampel otot pectoralis tidak memberikan hasil yang berbeda signifikan terhadap nilai absorbansi, konsentrasi dan visualisasi pita hasil PCR di gen Chicken Growth Hormon.