Pengaruh Pemberian Bubuk Tinta Cumi-Cumi (Loligo sp.) terhadap Ekspresi Gen Cyclophilin A (CypA) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) yang Diinfeksi Infectious Myonecrosis Virus (IMNV)
| Main Author: | Setiawan, Aldi Candra |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2020
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/181931/1/Aldi%20Candra%20Setiawan%20%282%29.pdf http://repository.ub.ac.id/181931/ |
Daftar Isi:
- Udang vaname mulai masuk dan dikenal di Indonesia pada tahun 2001 melalui SK Menteri Kelautan dan Perikanan RI No. 41/2001 sebagai upaya untuk meningkatkan produksi udang di Indonesia menggantikan udang windu yang telah mengalami penurunan kualitas produksi. Usaha untuk meningkatkan produktivitas udang vaname guna dalam memenuhi kebutuhan pasar yaitu merubah sistem budidaya menjadi intensif. Seiring meningkatnya teknologi dan padat tebar tinggi menyebabkan timbulnya suatu penyakit, salah satunya ialah IMNV. Diduga adanya keterkaitan kualitas air yang buruk dan perubahan iklim yang ekstrim dapat memicu stress pada udang dan menyebabkan daya tahan tubuh udang menurun, sehingga mudah terserang penyakit seperti IMNV. Gen CypA merupakan salah satu gen yang memiliki peranan penting dalam mengindikasi adanya patogen pada udang vaname dan melawan berbagai stress akibat kondisi lingkungan yang buruk. Salah satu upaya dalam pengendalian penyakit IMNV pada udang vaname adalah dengan cara meningkatkan pertahanan tubuh udang vaname dengan pemberian bubuk tinta cumi-cumi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian bubuk tinta cumi-cumi terhadap ekspresi gen CypA pada udang vaname yang terinfeksi IMNV. Penelitian ini dilaksanakan di UPT Perikanan Air Tawar Sumberpasir, Laboratorium Sentral Ilmu Hayati dan Laboratorium Hidrobiologi Divisi Lingkungan dan Bioteknologi Perairan, FPIK, UB, Malang pada bulan September – Desember 2019. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif, dengan menggunakan variabel pemberian bubuk tinta cumi-cumi 400 ppm pada perlakuan (A), 500 ppm (B), dan 600 ppm (C). Parameter utama pada penelitian ini adalah kemurnian DNA, elektroforesis dan BLAST pada udang vaname, sedangkan parameter penunjang dalam penelitian ini adalah parameter kualitas air (pH, suhu, salinitas, DO, nitrat, nitrit, amonia, TOM, dan alkalinitas). Hasil yang didapat dari penelitian ini adalah sebagai berikut, ekspresi gen CypA tertinggi terdapat pada perlakuan K(+) yang memiliki intensitas volume pita DNA sebesar 7975348 int dan yang terendah pada perlakuan K(-) yaitu dengan intensitas volume pita DNA sebesar 4553116 int, sedangkan pada perlakuan yang menggunakan bubuk tinta cumi-cumi (A, B, dan C) hasil ekspresi gen CypA terendah terdapat pada perlakuan B yaitu dengan intensitas volume pita DNA sebesar 4774618 int. Panjang basepair gen CypA udang vaname yang ditemukan sebesar 156,794508 – 176,994626 bp. Nilai query cover yang didapat pada semua perlakuan (A, B, C, K+, K-) berkisar antara 69-96%, nilai identity antara 93-100% dan E-value 0,0. Hasil analisis komposisi nukleotida gen CypA menunjukan bahwa jumlah rata-rata adenin (A) dan timin (T) ditemukan paling tinggi. Hasil analisis variasi genetik didapat pola variasi genetik pada gen CypA dengan total pasangan basa setiap perlakuan yaitu 152 bp, didapatkan nilai polimorfisme terendah pada perlakuan B yaitu 48,68% dan tertinggi pada perlakuan K(+) yaitu 63,16%. Hasil pengamatan parameter kualitas air yang terdiri dari suhu, pH, salinitas, DO, nitrat, nitrit, amonia, TOM, dan alkalinitas menunjukkan hasil yang secara umum tergolong dalam kisaran optimal.