Kajian Molecular Dynamic Kompleks Ovalbumin dengan Likopen, Likopen-Fe3+, dan Likopen-Cu2+ pada pH Asam
| Main Author: | Lestari, Eka Diyah Putri |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/178920/ |
Daftar Isi:
- Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan interaksi serta stabilitas dinamik kompleks ovalbumin-likopen (OVL), ovalbumin-likopenFe3+ (OVLB) dan ovalbumin-likopen-Cu2+ (OVLT) ketika disimulasikan pada lingkungan asam lambung (pH 2). Metode yang dilakukan adalah docking menggunakan AutoDock Vina 1.1 pada program PyRx dan simulasi dinamika molekuler menggunakan YASARA. Selanjutnya, interpretasi data dan analisis hasil dilakukan menggunakan program PyMOL v.2.3.2.1, Discovery Studio 2019 Client dan LigPlot+ v.1.4.5. Interaksi antara senyawa antioksidan likopen ketika membentuk kompleks dengan ovalbumin sesuai dengan hipotesis yaitu, masuk diantara domain protein ovalbumin yang merupakan daerah hidrofobik dan berikatan secara hidrofobik dengan residu asam amino non-polar ovalbumin. Interaksi ini, juga tidak mengganggu sifat alami ovalbumin untuk menjadi antioksidan karena tidak berikatan dengan residu asam amino sistein dan tidak memiliki situs ikatan yang sama dengan ligan alami ovalbumin berupa NAG. Hasil analisis dinamika molekuler menunjukkan bahwa baik energi potensial, RMSD reseptor, RMSD konfigurasi ligan likopen dan RMSF residu asam amino reseptor menunjukkan bahwa kompleks OVLB menjadi kompleks dengan stabilitas dinamik paling baik dan mampu mengubah konformasi secara positif (tanpa disertai unfolding) dari protein ovalbumin, sedangkan kompleks OVL memiliki stabilitas dinamik cukup baik namun tidak secara signifikan mengubah konformasi ovalbumin. Selain itu, hasil simulasi kompleks OVLT menunjukkan stabilitas dinamik paling rendah. Kecenderungan inilah yang membuat likopen dari kompleks OVL dan OVLB terbukti dapat dengan baik menghambat perenggangan ikatan dari residu asam amino ketika berada pada kondisi pH asam (pH 2)