Optimasi Polymerase Chain Reaction (Pcr) Untuk Mengamplifikas Gen T-Box 5 Yang Berperan Dalam Pembentukan Sirip Pektoral
| Main Author: | Syahrir, Ahdiya |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/177287/1/Ahdiya%20Syahrir_Skripsi%20%282%29.pdf http://repository.ub.ac.id/177287/ |
Daftar Isi:
- Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode analisis DNA dengan memanfaatkan neukleotida pendek dan bantuan enzim untuk memperbanyak jumlah DNA secara eksponensial. PCR adalah metode in vitro untuk melipatgandakan (amplification) neukleotida tertentu secara enzimatis. Penerapan PCR yang optimal ditentukan oleh berbagai faktor atau komponen. Komponen tersebut adalah (1) DNA template; (2) Sequence Oligonukleotida; (3) Deoxyribonucleotide triphosphate (dNTP) dan (4) Taq Enzyme Polymerase. Prinsip kerja yang cepat dan tidak membutuhkan organisme dalam memperbanyak untaian DNA, PCR terdiri dari tiga tahap yaitu denaturasi, penempelan (annealing) dan perpanjangan. Gen T-box berkaitan dengan faktor transkripsi dari pengikatan DNA. Berdasarkan kesamaan sequence, gen ini tebagi menjadi TBX2, TBX3, TBX4 dan TBX5. TBX4 dan TBX5 berperan dalam pembentukan anggota tubuh dari vertebrata selama perkembangan embrio. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui suhu annealing yang paling sesuai untuk mengamplifikasi gen TBX5. Suhu annealing tersebut membantu dalam proses penempelan primer dengan DNA target atau templat. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah ekstraksi dengan buffer urea. Proses amplifikasi menggunakan suhu gradien dengan kisaran 50-60oC. Tahapan terakhir adalah elektroforesis untuk memvisualisasikan hasil amplifikasi DNA atau yang disebut dengan amplikon. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya kemungkinan pengaruh karakteristik sampel terhadap hasil ekstraksi. Sampel larva ikan yang memiliki karakteristik lunak memberikan hasil ekstraksi yang baik untuk jumlah dan kemurnian DNA-nya. Hasil ekstraksi tersebut selanjutnya diamplifikasi dengan menggunakan primer F1R1 dan F2R1. Primer F1R1 mampu menghasilkan band yang baik pada suhu 50oC. Primer F2R1 tidak mampu menghasilkan band DNA pada semua variasi suhu. Suhu 50oC kemudian digunakan untuk pengujian limit DNA templat dimana gen TBX5 masih dapat teramplifikasi. Hasil Pengujian ini menunjukkan bahwa limit gen TBX5 dapat teramplifikasi dengan hasil yang baik adalah pada tingkat pengenceran 10-1 (20.5-22.6 ng/μl). Dan adanya kemungkinan pengaruh kemurnian DNA hasil ekstraksi terhadap keberhasilan amplifikasi gen target.