Keragaman Genetik 22 Genotipe Cabai Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeat)
| Main Author: | Ningrum, Nadia Della Savitri Ayu |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/173755/ |
Daftar Isi:
- Cabai adalah tanaman hortikultura yang memiliki nilai ekonomis tinggi dan sesuai ditanam di daerah tropis seperti Indonesia. Pada tahun 2015 produksi cabai nasional hanya sekitar 7,49 ton/ha yang masih jauh dari potensi produksi yang bisa mencapai 12 ton/ha. Selain itu produksi cabai di Indonesia yang cenderung fluktuatif setiap bulannya sehingga menimbulkan harga cabai pun menjadi tidak menentu. Hal tersebut disebabkan oleh berbagai kendala yang dialami petani yaitu adanya hama dan penyakit seperti kutu kebul, antraknosa, serta busuk buah yang menyebabkan petani menjadi gagal panen. Upaya untuk mengatasi permasalahan yang dialami oleh petani yaitu dengan merakit varietas unggul dengan bantuan analisis molekuler, karena keunggulannya yang tidak dipengaruhi oleh lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik 22 genotipe cabai berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeat). Penelitian dilaksanakan pada bulan November 2018–Januari 2019 yang bertempat di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian (BB Biogen), Bogor. Penelitian ini menggunakan 22 genotipe cabai yang terbagi atas 3 spesies cabai, yaitu 3 genotipe C. frutescens, 1 genotipe C. chinense, dan 18 genotipe C. annuum koleksi Balitsa, Lembang yang diuji dengan menggunakan 15 pasang primer SSR (Simple Sequence Repeat). Metode penelitian terdiri dari pengambilan sampel cabai, isolasi DNA cabai menggunakan metode Doyle and Doyle (1990), uji kuantitatif DNA dengan Nanodrop Spectrophotometer 2000c, uji kualitatif DNA dengan gel agarosa 1%, amplifikasi DNA dan elektroforesis menggunakan gel poliakrilamid 6% dengan pewarnaan SYBR Gold. Analisis dilakukan dengan pemberian nilai (skoring) terhadap pita DNA yang muncul pada hasil elektroforesis gel poliakrilamid selanjutnya dianalisis pada perangkat lunak NTSYS versi 2.1. dengan menggunakan program Sequential Agglomerative Hierarchial and Nested (SAHN)-UPGMA (Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic) dan hasilnya disajikan dalam bentuk dendogram dan matriks kesamaan genetik. Kemudian untuk mengetahui nilai statistik polimorfisme dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak PowerMarker v3.25 yang hasilnya terdiri dari frekuensi alel utama, diversitas gen, heterozigositas, jumlah alel, ukuran alel, nilai PIC (Polymorphic Information Content) dan presentase alel teramplifikasi dari primer-primer yang digunakan pada penelitian. Nilai diversitas gen yang dihasilkan pada perangkat lunak ini menjadi nilai yang menentukan keragaman genetik genotipe cabai yang diuji. Analisis keragaman genetik juga dilakukan dengan menggunakan software XLSTAT ver. 2018 menggunakan menu Analyzing Data-Principal Component Analysis yang hasilnya berupa Principal Coordinate Analysis (PCoA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa 15 marka SSR yang digunakan untuk menguji 22 genotipe yang cabai menunjukkan polimorfisme dan berhasil mengelompokkan genotipe cabai tersebut menjadi 4 klaster berdasarkan spesiesnya. Marka SSR yang digunakan dapat menghasilkan total alel sebanyak 87 alel per lokus dengan kisaran 2-16 alel. Dari 15 marka yang digunakan terdapat 11 marka yang sangat informatif. Nilai rerata PIC yang dihasilkan yaitu sebesar 0,59 yang menunjukkan bahwa nilai keinformatifan marka yang digunakan termasuk kategori tinggi untuk menganalisis keragaman genetik cabai. Keragaman genetik cabai yang diuji cukup tinggi dengan nilai rerata diversitas gen sebesar 0,64. Hasil analisis dendrogram 22 genotipe cabai berdasarkan 15 marka SSR menunjukkan tidak ada genotipe yang diduga sama atau mengalami duplikasi koleksi plasma nutfah. Hasil penelitian ini dapat menjadi informasi genetik tambahan pada tanaman cabai di Indonesia.