Uji Kemurnian Genetik menggunakan Marka Simple Sequens Repeats (SSR) pada Beberapa Genotip Hasil Persilangan Padi Gogo dengan Padi Sawah (Oriza sativa L.)
| Main Author: | Aulia, Elfita Rahma |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/173596/ |
Daftar Isi:
- Berdasarkan data dari Badan Pusat Statistik (BPS) tahun 2017, tingkat konsumsi beras mencapai 1,57 kg/kapita/minggu. Hal tersebut menjadikan tanaman padi sebagai penghasil beras menjadi komoditas pangan utama yang ada di Indonesia. Pemuliaan tanaman adalah salah satu cara untuk mendapatkan tanaman unggul baru dengan sifat yang lebih baik dari tetuanya sehingga diharapkan terjadi peningkatan produksi. Pada benih hasil persilangan, kemurnian benih dapat diketahui dari sifat yang diturunkan dari tetuanya. Apabila benih tersebut tidak memiliki sifat seperti tetuanya, maka kemungkinan terjadi kontaminasi saat persilangan. Pengujian yang dapat digunakan untuk mengetahui kemurnian genetik benih padi salah satunya menggunakan analisis marka molekuler. Salah satu metode yang dapat digunakan adalah marka Simple Sequence Repeats (SSR) atau marka mikrosatelit. Marka SSR memiliki kelebihan yaitu tingkat polimorfis dan variabilitas yang tinggi. Marka-marka SSR yang digunakan dalam penelitian ini berasosiasi dengan karakter ketahanan terhadap kekeringan dan daya hasil tinggi. Tujuan dari penelitian ini adalah menguji kemurnian genetik menggunakan marka SSR pada beberapa genotip hasil persilangan padi gogo dengan padi sawah melalui perbedaan pola pita antar genotip tanaman. Sehingga diharapkan dapat menunjukkan kemurnian genetik pada setiap genotip. Kegiatan penelitian dilakukan pada bulan Januari 2019 hingga bulan April 2019 di lahan percobaan dan laboratorium Bioteknologi Tanaman, jurusan Budidaya Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya. Pada penelitian ini, diuji 8 genotip hasil persilangan yaitu F1, F2, dan BC1 serta 4 tetua dari padi gogo dan padi sawah. Uji kemurnian genetik dari 12 genotip tersebut menggunakan 6 primer SSR. Bagian padi yang digunakan untuk analisis DNA adalah daun muda segar padi berumur 18 hst. Alat dan bahan untuk penanaman sampel adalah tray semai, papan nama, pupuk kandang, pupuk NPK, dan polibag. Daun muda padi diisolasi menggunakan prosedur DNeasy Plant Mini Kit. Pada hasil isolasi DNA tersebut dilakukan pengujian kualitas padi secara kualitatif. Setelah itu, amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan prosedur DreamTaq Green PCR Master Mix. Hasil dari PCR dielektroforesis menggunakan gel agarose dan EtBr sehingga dapat dianalisis dan diperoleh data dalam bentuk pola pita DNA. Analisis data berdasarkan pita DNA yang terlihat pada gel doc. Kemudian dihitung nilai Polimorfisme Information Content (PIC). Data-data yang telah didapatkan dianalisis menggunakan software Power Marker untuk membuat data biner dan software NTSYS 2.1 dengan metode UPGMA untuk membuat matriks kesamaan genetik dan dendrogram jarak genetik. Selain itu, pola pita dianalisis menggunakan Analisis Komponen Utama atau Principle Component Analysis (PCA) untuk mengetahui sebaran genotip tanaman padi yang diuji. Analisis Komponen Utama dilakukan menggunakan software XLSTAT. Pola pita hasil elektroforesis pada 12 genotip padi menunjukkan kualitas yang jelas dan tidak smear. Hal tersebut dapat dipengaruhi oleh kemurnian hasil isolasi. Selain itu, 6 primer yang digunakan menunjukkan polimorfisme dengan nilai PIC yang berbeda-beda mulai dari nilai polimorfisme rendah hingga tinggi. Berdasarkan hasil analisis jarak genetik dan kesamaan genetik dapat diketahui bahwa 12 genotip terbagi menjadi 4 kluster dalam dendrogram. Kluster I terdiri dari varietas situ bagendit dan BC1 TWCH, kluster II adalah varietas Towuti, kluster III yaitu varietas Ciherang, Cibogo, F1 SBCH, F1 SBCB dan F1 TWCH sedangkan kluster IV terdiri dari F2 SBCH, F2 TWCH, F2 SBCB dan BC1 SBCH. Setiap genotip memiliki jarak genotip yang berbeda dengan tetuanya sehingga menunjukkan adanya segregasi pada benih tanaman padi. Hasil dari analisis komponen utama juga menunjukkan persebaran genotip pada 4 plot pada biplot yang terbentuk dengan 3 komponen utama atau principle component (PC) yaitu PC1, PC2 dan PC3. Ketiga komponen utama memiliki nilai eigenvalue >1 dan keragaman yang berbeda-beda. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi informasi untuk mendeteksi kemurnian benih sehingga seleksi benih yang dilakukan dapat sesuai dengan tujuan pemuliaan tanaman.