Analisis Keragaman Genetik Tanaman Anggur (Vitis vinivera L.) Varietas BS 60 Hasil Perbanyakan Secara Kultur Jaringan Dengan Marka ISSR (Inter Simple Sequence Repeats)
| Main Author: | Indaryani, Patricia Martina Kusuma |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/173253/ |
Daftar Isi:
- Tujuan konservasi adalah melestarikan plasma nutfah agar dapat dimanfaatkan untuk masa kini dan mendatang. Dalam kegiatan tersebut, pemeliharaan stabilitas genetik merupakan hal yang sangat penting untuk menjamin plasma nutfah yang disimpan tetap sesuai dengan identitas asalnya. Keragaman genetik dapat diketahui lebih awal melalui karakterisasi molekuler. Karakterisasi molekuler memiliki keunggulan, yaitu waktu yang dibutuhkan lebih cepat karena tidak perlu menunggu tanaman hingga fase dewasa, mampu membedakan individu berkerabat dekat, dan tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) merupakan penanda molekuler yang umumunya digunakan untuk studi keanekaragaman genetika, filogeni, penandaan gen, pemetaan genom dan biologi evolusi pada berbagai tanaman. Seperti tanaman yang lain, tanaman anggur dapat diperbanyak secara kultur jaringan. Perbanyakan secara kultur jaringan tidak menutup kemungkinan terjadinya variasi somaklonal yang menyebabkan variasi atau keanekaragaman pada tanaman hasil perbanyakan kultur jaringan. Maka dari itu diperlukan analisis keragaman genetik tanaman anggur varietas BS 60 hasil perbanyakan secara kultur jaringan agar mengetahui tingkat keanekaragaman yang terjadi. Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari hingga April 2019 di Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika yang beralamat di Jalan Raya Tlekung No. 1, Beji, Kecamatan Junrejo, Kota Batu, Provinsi Jawa Timur 65327. Penelitian akan dilakukan dengan menggunakan metode deskriptif dengan penggunaan sampel berdasarkan 3 jenis kategori antara lain, sampel yang disubkultur 14 kali, sampel disubkultur 15 kali, sampel tanpa masa kultur dengan perbanyakan secara vegetatif. Masing – masing kategori menggunakan 10 sampel tanaman untuk di ekstraksi, uji kualitas DNA, analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) hingga elektroforesis DNA. Tahap analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan 5 jenis primer ISSR. Pengamatan dilakukan terhadap profil pita DNA yang dihasilkan melalui proses elektroforesis. Penambahan atau kehilangan pita DNA dibandingkan dengan kontrol menunjukkan adanya off-type. Masing – masing pita DNA diperlakukan sebagai sebuah unit karakter. Pita DNA yang terbentuk diberi skor untuk pita terbentuk (1) atau pita tidak terbentuk (0) yang selanjutnya menjadi sebuah matriks biner. Data kemudian dianalis dengan analisis kluster unweighted pair group method arithmetic averages (UPGMA) dan divisualisasikan dengan menggunakan program NTSYS PC versi 2.20. Berdasarkan hasil penelitian dapat diketahui bahwa penanda molekuler ISSR dapat mendeteksi keragaman anggur yang dikonservasi secara kultur jaringan. Penanda molekuler ISSR mampu menghasilkan jumlah total pita polimorfisme yang dihasilkan pada kelima primer sebanyak 34 buah, sedangkan jumlah total pita monomorfisme yang dihasilkan pada kelima primer sebanyak 30 buah. Persentase polimorfisme tertinggi terdapat pada primer L8 sebesar 66,6%. Persentase polimorfisme terendah terdapat pada primer L9 sebesar 33,3 %. Berdasarkan hasil analisis kluster unweighted pair group method arithmetic averages (UPGMA), diperoleh dendogram keragaman genetik tanaman anggur dengan tingkat keragaman genetik tanaman anggur berkisar antara 66 – 100% atau jarak genetik berkisar antara 0 – 34%.