Analisis Keragaman Genetik Ikan Wader Pari (Rasbora sp.) di Desa Penujah, Kabupaten Tegal, Jawa Tengah Menggunakan Sekuens Barcoding Region Cytochorome C Oxidase Subunit I (COI)
| Main Author: | Hibatullah, Muhammad Nurfaiq |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/170549/ |
Daftar Isi:
- Genus Rasbora adalah salah satu genus terbesar di ordo Cyprinidae. Ikan ini tersebar di wilayah geografis yang luas, mulai dari India barat hingga Kepulauan Sunda Kecil di Indonesia, yaitu Kepulauan Lombok dan Sumbawa. Wilayah sunda (Malaysia dan Indonesia) merupakan salah satu situs biodiversitas dengan keragaman tertinggi, namun merupakan satu dari beberapa ekosistem paling terancam di dunia. Masalah yang menghalangi upaya konservasi pada daerah ini adalah pengetahuan taksonomi serta distribusi spesies endemik yang kurang berkembang dan masih banyak spesies endemik yang belum diidentifikasi. Rasbora termasuk genus yang terancam karena pengelompokan taksanya belum jelas. Secara morfologi, genus Rasbora membentuk kelompok yang sangat homogen dan sering kali sangat sulit dibedakan antar spesiesnya. Sistem identifikasi berbasis DNA, yang didasarkan pada gen mitokondria, cytochrome c oxidase subunit I (COI), dapat membantu permasalahan pada keragaman genetik. Metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif. Prosedur penelitian yang dilakukan adalah sebagai berikut, sampel diambil dari beberapa titik lokasi di Kabupaten Tegal, Jawa Tengah. Sampel kemudian diawetkan pada larutan preservasi dan diambil sebagian jaringannya untuk diuji secara molekuler dan disekuensing urutan DNA mitokondrianya. Selanjutnya, sekuens dianalisis menggunakan aplikasi Chromas, UGENE, Mesquite, DNAsp dan Arlequin untuk melihat keragaman genetiknya. Hasil didapatkan dari titik pengambilan sampel Penujah terdapat 27 ekor spesimen dengan 22 ekor di antaranya merupakan spesies baru. Hasil sekuensing yang diperoleh menunjukkan tiga (3) tipe haplotipe yang terdeteksi. Hasil haplotype diversity yang didapat, yaitu Tegal dengan nilai tertinggi sebesar 1,0000 dan nilai terendah diperoleh oleh titik lokasi Sukabumi, Jepara dan Salatiga, yaitu sebesar 0,0000. Nilai nucleotide diversity (π) dari kedelapan populasi tergolong rendah, yaitu dengan nilai tertinggi 0,002975 pada populasi Pasuruan dan nilai terendah 0,000000 pada populasi Jepara, Salatiga dan Sleman. Nilai FST berpasangan terendah populasi Penujah didapat apabila dibandingkan dengan populasi Tegal yaitu -0,33333, sedangkan nilai tertinggi didapat saat dibandingkan dengan populasi Sukabumi dengan nilai sebesar 0,98332. Berdasarkan hasil penelitian yang didapat, nilai haplotype diversity pada lokasi Penujah tergolong tinggi sebesar 0,8333, sedangkan nilai nucleotide diversity pada lokasi ini tergolong rendah sebesar 0,001530. Korelasi antara h dan π menunjukkan lokasi Penujah termasuk dalam kategori 2. Hal ini menandakan adanya ekspansi populasi tiba-tiba yang dapat disebabkan oleh perubahan iklim. Pola diferensiasi populasi antara lokasi Penujah dan Tegal tidak membentuk populasi terstruktur, namun untuk lokasi Penujah dengan lokasi lainnya membentuk populasi terstruktur. Aliran gen terjadi antara populasi Penujah dan Tegal, tetapi untuk hubungan antar populasi lainnya tidak.