Analisis Keragaman Genetik Spesies Baru Ikan Wader Pari (Rasbora Sp.) Di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah Dibandingkan Dengan Populasi Di Pulau Jawa Dan Bali Berdasarkan Sekuens Coi
| Main Author: | Ningrum, Wahyu Widia |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/169597/1/WAHYU%20WIDIA%20NINGRUM%20%282%29.pdf http://repository.ub.ac.id/169597/ |
| ctrlnum |
169597 |
|---|---|
| fullrecord |
<?xml version="1.0"?>
<dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"><relation>http://repository.ub.ac.id/169597/</relation><title>Analisis Keragaman Genetik Spesies Baru Ikan Wader Pari
(Rasbora Sp.) Di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah
Dibandingkan Dengan Populasi Di Pulau Jawa Dan Bali
Berdasarkan Sekuens Coi</title><creator>Ningrum, Wahyu Widia</creator><subject>597.482 Cyprinidae (Carp family)</subject><description>Sebanyak 440 spesies ikan air tawar endemik terdistribusi di seluruh
perairan Indonesia. Namun dengan tekanan lingkungan yang tinggi, umumnya
terjadi penurunan jumlah spesies dari bagian Barat ke arah Timur wilayah
Indonesia khususnya dari Jawa, Bali, Lombok, salah satunya yaitu spesies
Rasbora. Di Pulau Jawa, terdapat tiga spesies Rasbora yang teridentifikasi
sebagai spesies yang valid yaitu R. argyrotaenia, R. lateristriata, dan R.
aprotaenia. R. lateristriata dahulunya dianggap terdistribusi di wilayah Sumatera,
Kalimantan, Jawa, Bali, dan Lombok. Berdasarkan penelitian terdahulu, R.
lateristriata yang terdistribusi di Pulau Jawa merupakan R. lateristriata spesies
kompleks. Spesies ini ditemukan di perairan Tegal, Jawa Tengah. R. lateristriata
spesies kompleks ditemukan di Sungai Bogares dan hanya didapatkan dua
individu, untuk itu diperlukan sampling ulang untuk mengevaluasi keragaman
genetik dan dominansi spesies tersebut.
Tujuan dari penelitian ini yaitu mengevaluasi keragaman genetik spesies
baru Rasbora, mengetahui dominansi spesies baru terhadap spesies Rasbora
yang telah teridentifikasi yang ada di lokasi Sungai Bogares serta mengetahui
struktur populasi dari lokasi Bogares dengan lokasi pembanding lainnya
Analisis keragaman genetik dilakukan dengan uji molekuler berdasarkan
mitokondrial DNA (mtDNA) di daerah/region COI sebagai DNA barcoding.
Penelitian ini menggunakan metode deskriptif. Sampel uji diperoleh dari hasil
koleksi spesimen saat di lapang, di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah.
Adapun penelitian ini terdiri menjadi beberapa tahapan yaitu koleksi spesimen, uji
morfologi berdasarkan Brittan (1954), uji molekuler DNA mitokondria
daerah/region COI dengan metode PCR menggunakan primer universal forward
Fish F1 5'TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC3' dan reverse Fish R1
5'TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA3 berdasarkan penelitian Ward et al.,
(2005) yang selanjutnya sampel dikirim untuk proses sekuensing di 1st BASE
DNA Sequencing. Metode sekuensing dipilih untuk mengetahui banyaknya
character states karena perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di
dalam lokus yang berbeda adalah besar.
Hasil sekuensing berupa Electropherogram yang berisi urutan basa
nukelotida dengan panjang ±655 bp. Tingkat keragaman genetik pada data
sekuens dilakukan analisis statistik melalui pengukuran haplotype diversity,
haplotype number, nucleotide diversity dan kekerabatan antar populasi melalui uji
jarak berpasangan FST. Analisis keragaman genetik spesies baru R. lateristriata
ditinjau dari parameter jumlah haplotipe (n), keragaman haplotipe (Hd), dan
keragaman nukleotida (π) tertinggi terjadi pada populasi Bogares dengan total 6
sekuens sebesar (n) 2, (Hd) 0.533, dan (π) 0.00081. kombinasi pasangan
populasi dengan nilai paling tinggi terjadi pada populasi Sukabumi dan Salatiga
dengan nilai 1.00000 menunjukkan diferensiasi yang berbeda nyata sehinga
mengindikasikan tidak ada aliran gen di antara kedua populasi tersebut.</description><date>2019-05-06</date><type>Thesis:Thesis</type><type>PeerReview:NonPeerReviewed</type><type>Book:Book</type><language>eng</language><identifier>http://repository.ub.ac.id/169597/1/WAHYU%20WIDIA%20NINGRUM%20%282%29.pdf</identifier><identifier> Ningrum, Wahyu Widia (2019) Analisis Keragaman Genetik Spesies Baru Ikan Wader Pari (Rasbora Sp.) Di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah Dibandingkan Dengan Populasi Di Pulau Jawa Dan Bali Berdasarkan Sekuens Coi. Sarjana thesis, Universitas Brawijaya. </identifier><relation>SKR/FPIK/2019/257/051903308</relation><recordID>169597</recordID></dc>
|
| language |
eng |
| format |
Thesis:Thesis Thesis PeerReview:NonPeerReviewed PeerReview Book:Book Book |
| author |
Ningrum, Wahyu Widia |
| title |
Analisis Keragaman Genetik Spesies Baru Ikan Wader Pari
(Rasbora Sp.) Di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah
Dibandingkan Dengan Populasi Di Pulau Jawa Dan Bali
Berdasarkan Sekuens Coi |
| publishDate |
2019 |
| topic |
597.482 Cyprinidae (Carp family) |
| url |
http://repository.ub.ac.id/169597/1/WAHYU%20WIDIA%20NINGRUM%20%282%29.pdf http://repository.ub.ac.id/169597/ |
| contents |
Sebanyak 440 spesies ikan air tawar endemik terdistribusi di seluruh
perairan Indonesia. Namun dengan tekanan lingkungan yang tinggi, umumnya
terjadi penurunan jumlah spesies dari bagian Barat ke arah Timur wilayah
Indonesia khususnya dari Jawa, Bali, Lombok, salah satunya yaitu spesies
Rasbora. Di Pulau Jawa, terdapat tiga spesies Rasbora yang teridentifikasi
sebagai spesies yang valid yaitu R. argyrotaenia, R. lateristriata, dan R.
aprotaenia. R. lateristriata dahulunya dianggap terdistribusi di wilayah Sumatera,
Kalimantan, Jawa, Bali, dan Lombok. Berdasarkan penelitian terdahulu, R.
lateristriata yang terdistribusi di Pulau Jawa merupakan R. lateristriata spesies
kompleks. Spesies ini ditemukan di perairan Tegal, Jawa Tengah. R. lateristriata
spesies kompleks ditemukan di Sungai Bogares dan hanya didapatkan dua
individu, untuk itu diperlukan sampling ulang untuk mengevaluasi keragaman
genetik dan dominansi spesies tersebut.
Tujuan dari penelitian ini yaitu mengevaluasi keragaman genetik spesies
baru Rasbora, mengetahui dominansi spesies baru terhadap spesies Rasbora
yang telah teridentifikasi yang ada di lokasi Sungai Bogares serta mengetahui
struktur populasi dari lokasi Bogares dengan lokasi pembanding lainnya
Analisis keragaman genetik dilakukan dengan uji molekuler berdasarkan
mitokondrial DNA (mtDNA) di daerah/region COI sebagai DNA barcoding.
Penelitian ini menggunakan metode deskriptif. Sampel uji diperoleh dari hasil
koleksi spesimen saat di lapang, di Sungai Bogares, Tegal, Jawa Tengah.
Adapun penelitian ini terdiri menjadi beberapa tahapan yaitu koleksi spesimen, uji
morfologi berdasarkan Brittan (1954), uji molekuler DNA mitokondria
daerah/region COI dengan metode PCR menggunakan primer universal forward
Fish F1 5'TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC3' dan reverse Fish R1
5'TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA3 berdasarkan penelitian Ward et al.,
(2005) yang selanjutnya sampel dikirim untuk proses sekuensing di 1st BASE
DNA Sequencing. Metode sekuensing dipilih untuk mengetahui banyaknya
character states karena perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di
dalam lokus yang berbeda adalah besar.
Hasil sekuensing berupa Electropherogram yang berisi urutan basa
nukelotida dengan panjang ±655 bp. Tingkat keragaman genetik pada data
sekuens dilakukan analisis statistik melalui pengukuran haplotype diversity,
haplotype number, nucleotide diversity dan kekerabatan antar populasi melalui uji
jarak berpasangan FST. Analisis keragaman genetik spesies baru R. lateristriata
ditinjau dari parameter jumlah haplotipe (n), keragaman haplotipe (Hd), dan
keragaman nukleotida (π) tertinggi terjadi pada populasi Bogares dengan total 6
sekuens sebesar (n) 2, (Hd) 0.533, dan (π) 0.00081. kombinasi pasangan
populasi dengan nilai paling tinggi terjadi pada populasi Sukabumi dan Salatiga
dengan nilai 1.00000 menunjukkan diferensiasi yang berbeda nyata sehinga
mengindikasikan tidak ada aliran gen di antara kedua populasi tersebut. |
| id |
IOS4666.169597 |
| institution |
Universitas Brawijaya |
| affiliation |
mill.onesearch.id fkp2tn.onesearch.id |
| institution_id |
30 |
| institution_type |
library:university library |
| library |
Perpustakaan Universitas Brawijaya |
| library_id |
480 |
| collection |
Repository Universitas Brawijaya |
| repository_id |
4666 |
| subject_area |
Indonesian Language Collection/Kumpulan Karya Umum dalam Bahasa Indonesia* |
| city |
MALANG |
| province |
JAWA TIMUR |
| shared_to_ipusnas_str |
1 |
| repoId |
IOS4666 |
| first_indexed |
2021-10-28T06:53:54Z |
| last_indexed |
2021-10-28T06:53:54Z |
| recordtype |
dc |
| _version_ |
1751455993561088000 |
| score |
17.538404 |