Analisa Kekerabatan Rusa Timor (Cervus Timorensis) di Taman Safari Indonesia 2 Prigen Berdasarkan Sekuen Gen Displacement Loop dengan Metode Polymerase Chain Reaction
| Main Author: | Ikhwani, Ahmad |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/168047/ |
Daftar Isi:
- Rusa timor merupakan salah satu rusa endemik di Indonesia yang sekarang populasinya mulai berkurang dari tahun ketahun. Berbagai upaya dan penelitian dilakukan untuk konservasi hewan endemik ini. Tingkat kekerabatan antara rusa Timor dengan rusa lainnya sangat dekat sehingga perlu adanya penelitian mengenai kekerabatan rusa timor guna membantu upaya konservasi dan melengkapi informasi genetik. Kekerabatan genetik ini dapat digunakan untuk mengetahui tingkat kekerabatan antar spesies atau dengan spesies yang berbeda contohnya dengan rusa Babi (Axis porcinus) dengan data Genbank: AF291897.1. Analisis DNA mitokondria dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik dengan gen Displacement loop. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kekerabatan genetik rusa Timor di Taman Safari Indonesia 2 Prigen. Penelitian ini menggunakan 3 sampel darah rusa Timor dengan metode purposive sampling. Metode pada penelitian ini adalah studi kasus di Taman Safari Indonesia 2 Prigen dengan melakukan analisa kekerabatan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan mengisolasi DNA pada sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer (D-loop_F) 5‘-CGCATGAATGTAGCCTTGTG-3’ dan Reverse (D-loop_R) 5‘-GTGGGCGATTTTAGGTGAGA-3’., dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap produk PCR. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 6.06 dengan metode Neighbor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Pairwise Distances menunjukkan sampel M1 dan M3 membentuk clade sister group, sedangkan M2 membentuk clade dengan referensi gene bank rusa timor (AF2931883.1). Sampel rusa timor di Taman Safari Indonesia 2 Prigen dan dibandingkan dengan rusa babi memeliki jarak genetik dari 6,7-12,4% menunjukkan bahwa rusa Timor dan rusa babi memiliki kekerabatan yang jauh. M1 dan M3 memiliki kekerabatan yang dekat sehingga bisa digabungkan dalam satu kelompok sedangkan sampel M2 sebaiknya dimasukkan dalam kelompok baru. Demi menjaga kemurnian genetik sampel M2 bisa dikawinkan dengan M1.