Karakteristik Genetik Pada Rusa Timor (Cervus Timorensis) Dan Rusa Bawean (Axis Kuhlii) Berdasarkan Sekuen Gen Cox-2 (Cythochrome C Oxidase Subunit 2) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction (Pcr)
| Main Author: | Septaningsih, Andi Citra |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/161417/1/Andi%20Citra%20Septaningsih.pdf http://repository.ub.ac.id/161417/ |
Daftar Isi:
- Rusa Timor dan Rusa Bawean merupakan salah satu hewan endemik Indonesia, yang memiliki karakteristik genetik yang beragam. Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan molekuler menggunakan DNA mitokondria (mtDNA) membantu dalam mengetahui perbedaan dengan lebih akurat dalam membedakan intra dan interspesies sehingga dapat digunakan untuk meningkatkan mutu genetik. Di dalam genom mitokondria terdapat fragmenfragmen penyandi protein dan yang bukan penyandi protein. Fragmen bukan penyandi protein yang sering digunakan dalam mengkaji hubungan kekerabatan di antara spesies adalah daerah Cox-2 (Cytochrome c oxydase subunit 2). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik genetik antara Rusa Timor dan Rusa Bawean berdasarkan sekuen gen Cox-2 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Rusa Timor (Cervus timorensis) dan dibandingkan dengan database NCBI serta jarak genetiknya dengan Rusa Bawean (Axis kuhlii). DNA didapatkan dari empat sampel wholeblood Rusa Timor jantan dan betina sejumlah 2 sampel dan Rusa Bawean jantan betina sejumlah 2 sampel di Taman Safari 2 Prigen Pasuruan yang kemudian diisolasi menggunakan QIAamp® DNA Mini Kit. Primer yang digunakan dalam metode PCR adalah primer. Forward (COX-2) 5„ GCACAATAGACGCTCAAGAG‟3 dan Reverse (COX-2) 5„GAAGCT GTGATTTGATCCGC‟3. Sekuens hasil PCR dilakukan dengan metode Sanger. Analisa sekuen gen dan kekerabatan menggunakan program Bioedit dan NCBI BLAST. Susunan nukleotida sampel Rusa timor dan Rusa bawean berdasarkan sekuen gen Cox-2 memiliki urutan sebesar 301bp. Sampel B04001RT dan sampel B03003RT yaitu Rusa timor (12D dan 13D) adalah genus yang berbeda yang berbeda dengan sampel B05006 RB dan sampel B0500RB yaitu Rusa bawean (14D dan 15D) dikarenakan berada pada clade yang berbeda.