Diagnosa Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan Kerapu Bebek (Cromileptes altivelis) dengan Teknik Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP)
| Main Author: | Sinansari, Shofihar |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2010
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/157889/ |
Daftar Isi:
- Betanidavirus merupakan agen penyebab Viral Nervous Necrosis (VNN) pada budidaya laut dan termasuk dalam family Nodaviriidae. Agen penyebab VNN tersebut mempunyai bentuk non-enveloped, icosahedral, diameter RNA virus sekitar 25 ± 34 nm. Loop mediated Isothermal Amplification (LAMP merupakan metode yang dapat mendiagnosis keberadaan target DNA. LAMP dapat diaplikasikan untuk deteksi virus pada budidaya ikan kerapu. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi Viral Nervous Necrosis (VNN) menggunakan metode loop-mediated isotermal amplification (LAMP) dan mengetahui tingkat sensitifitas LAMP dibandingkan dengan PCR. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen yang dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Perikanan, Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada. Pada penelitian ini menggunakan dua outer primer dan dua inner primer yang didesign dengan software dari Eiken website (http://loopamp.eiken.co.jp/lamp/principle.html). Sampel yang digunakan berasal dari Lampung dan Jepada yang terinfeksi VNN dan sampel yang digunakan untuk optimasi berasal dari VNN rekombinan hasil penelitian sebelumnya. Sampel ikan diambil matanya dan diekstraksi dengan metode Isogen. RNA digunakan untuk diagnosis VNN dengan LAMP dan RT-PCR. Konsentrasi template yang digunakan sebesar 0.5 μL, 1 μL, 1,5 μL, dan 2 μL). dan konsentrasi betaine (1 M; 1,6 M; dan 2 M) untuk optimasi deteksi VNN pada suhu 65 °C selama 90 menit. Masing-masing data dianalisis secara deskripsi dan buat perbandingan antara LAMP dan PCR. Kemampuan teknik LAMP dapat mendeteksi RNA VNN sebesar 10 -6 dan lebih sensitive daripada RT-PCR. Teknik LAMP merupakan teknk yang cepat, sensitif, spesifik, dan efisien untuk deteksi VNN pada ikan kerapu.