Distribusi Spasial dan Keragaman Genetik Bulu Babi (Tripneustes gratilla) Berdasarkan Sekuen Gen COI di Pulau Ambon
| Main Author: | Silahooy, VeinceBenjamin |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/157845/ |
Daftar Isi:
- Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui distribusi spasial dan keragaman genetik dari bulubabi ( Tripneustes gratilla ) di Pulau Ambon berdasarkan gen cytochrome c oxidase subunit 1. Analisis sebaran spasial dilakukan dengan bantuan software Quantum v1.7.1 . Analisis keragaman genetik dilakukan dalam beberapa proses yaitu alligment hasil sekuensing gen COI menggunakan software AB Sequence scanner 1.0 . Selanjutnya pohon filogenetik dirancang menggunakan software MEGA ( Molecular Evolutionary Genetic Analysis ) 5.2 . Analisis haplotype dibuat dengan bantuan software DNASP (DNA sequence polymorphism ) 5.10 , dan haplotype network dibuat menggunakan software Network 4.6. Panjang gen COI yang berhasil teramplifikasi adalah ± 600 bp ( base pair ). Hasil rekontruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa keseluruhan sampel tidak terkelompok sesuai dengan letak geografisnya. Sebagai pembanding dalam penelitian ini digunakan sekuen gen COI dari Tripneustes gratilla yang diperoleh dari Genbank NCBI ( National Center for Biotechnology Information ). Terdapat 11 haplotype dimana 2 haplotype berhomolog dengan penelitian dari Lessios, sedangkan 9 haplotype yang lain diduga merupakan haplotype baru. Nilai similaritas sekuen gen COI dari T. gratilla di pulau Ambon berada dikisaran 98,7 sampai 100%. Tingginya angka similaritas menunjukkan rendahnya keragaman genetik T. gratilla di Pulau Ambon. Oleh karena itu hasil penelitian ini juga menjelaskan hubungan kekerabatan yang dekat antara individu T. gratilla di Pulau Ambon. Rendahnya keragaman genetik bisa disebabkan karena Inbreeding dan Genetic drift yang dapat meningkatkan ekspresi dari gen resesif pada suatu populasi sehingga individu menjadi rentan terhadap penyakit dan dikhawatirkan akan mengarah pada kepunahan. Oleh sebab itu perlu dilakukan pencegahan agar T. gratilla di Pulau Ambon tidak mengalami kepunahan. Salah satu cara yang dapat dilakukan adalah dengan melakukan introduksi T. gratilla dari wilayah lain ke pulau Ambon. Tetapi dalam melakukan introduksi perlu dipertimbangkan aspek molekuler sehingga pada akhirnya diharapkan dapat meningkatkan keragaman genetik dari T. gratilla yang ada di Pulau Ambon. Selain pertimbangan genetik, aspek penting lain yang perlu diperhatikan dalam konservasi T. gratilla adalah pelestarian substrat terutama ketersediaan dari padang lamun, alga, dan terumbu karang bagi T. gratilla .