Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL
| Main Author: | Wahyudi, Didik |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 1900
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/157822/ |
Daftar Isi:
- Porang merupakan tanaman herba yang masuk dalam famili Araceae . Umbi porang bermanfaat dalam bidang kesehatan, industri dan pangan. Porang terdistribusi mulai dari pulau Andaman lalu ke timur melalui Burma (Myanmar) kemudian ke utara menuju Thailand dan ke tenggara menuju Indonesia dan Timor. Di Indonesia distribusi Porang terbatas pada daerah-daerah tertentu yaitu Sumatra, Madura, Bali, Nusa Tenggara Barat (NTB) dan paling banyak ditemukan di pulau Jawa. Pola distribusi porang termasuk mengelompok dan menunjukkan bahwa spesies ini di beberapa daerah aktif mengalami spesiasi (membentuk spesies baru). Hal ini didukung oleh fakta bahwa spesies tertentu sangat besar nilai similaritas kekerabatannya dengan spesies yang ditemukan di daerah sekitarnya. Fakta ini juga didukung oleh beberapa penelitian yang menunjukkan adanya kekerabatan antar populasi porang di Jawa. Selain itu, porang di Jawa juga mempunyai keragaman genetik antar populasi dan antar individu. Untuk memperkuat informasi adanya variasi genetik dan kekerabatan porang tersebut diperlukan integrasi analisis menggunakan penanda molekuler dan morfologi. Penanda morfologi banyak digunakan untuk mengetahui variabilitas genetik berdasarkan ciri morfologi dan anatomi tanaman, yang meliputi : tinggi batang, lingkar batang, bentuk daun, warna daun dan lain-lain. Analisis menggunakan penanda molekuler yang dapat digunakan adalah menggunakan sekuen DNA, baik DNA kloroplas, mitokondria maupun nuklear. Dari ketiga genom DNA tersebut, genom kloroplas merupakan genom DNA yang banyak digunakan sebagai penanda molekuler untuk mengetahui variasi genetik, karena diturunkan secara maternal, ukuran genom kecil dan tidak mengalami rekombinasi. Intron trn L merupakan intron dari genom kloroplas yang diketahui berevolusi lebih cepat jika dibandingkan dengan exon. Karena hal inilah intron trnL sangat tepat digunakan untuk kajian variasi genetik. Kajian variasi genetik ini penting dilakukan, mengingat kebutuhan porang semakin meningkat yang akan mendorong upaya budidaya besar-besaran yang memungkinkan terjadi penyediaan/pemasokan bibit dari daerah (populasi) lain yang akan mengancam varian lokal porang di suatu titik area di Jawa khususnya Jawa Tengah dan Jawa Barat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik dan hubungan kekerabatan antara populasi porang di Jawa Tengah dan Jawa Barat berdasarkan sekuen intron trn L. Sampel dalam penelitian ini terdiri dari porang yang diperoleh dari Jawa Tengah (Pamedaran, Grobogan, Wonogiri, Karang tengah) dan Jawa Barat (Cisompet) sebagai ingroup , A.variabilis (Wonogiri dan Brebes) sebagai outgroup , selain itu sebagai pembanding analisis molekuler menggunakan A. ochroleucus , A. longituberosus dan A. sumawongii yang diperoleh dari genbank . Sampel porang dalam bentuk umbi (Pamedaran Grobogan Wonogiri, Karangtengah dan Cisompet II) dan bulbil (Cisompet I) ditanam dalam media kompos. Setelah umbi dan bulbil tumbuh tiap populasi diambil 3 sampel yang selanjutnya dianalisis secara morfologi dan molekuler. Pengamatan morfologi yang meliputi pengamatan umbi, tangkai daun dan daun dilakukan setelah organ-organ tanaman porang tumbuh secara sempurna. Sedangkan sampel daun muda untuk analisis molekuler diperoleh ketika tanaman porang berada pada awal fase vegetatif. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan GenElute tm Plant Genomic DNA Miniprep Kit. Kemudian hasil isolasi DNA diuji secara kualitatif dengan elektroforesis pada gel agarose dan secara kuantitatif dengan menggunakan spektrofotometer. Hasil isolasi DNA yang baik ditandai munculnya band pada hasil elektroforesis pada gel agarose. Hasil isolasi inilah yang selanjutnya diamplifikasi. Amplifikasi intron trn L dilakukan dengan menggunakan primer universal “c” (CGAAATCGGTAGACGCTACG) dan “d” (GGGGATAGAGGGACTTGAAC). Hasil amplifikasi kemudian dipurifikasi dan untuk mengetahui urutan sekuen intron trn L dilakukan pengurutan basa nukleotida di Macrogen Korea. Setelah itu dilakukan analisis terhadap sekuen intron trn L yang meliputi, variasi genetik (variasi singletone, indel (insersi delesi) dan variasi haplotipe) dan kekerabatan antar populasi porang. Sekuen intron trn L dianalisis dengan menggunakan program haplotype network untuk mengetahui jumlah dan keragaman haplotipe. Sedangkan untuk mengetahui kekerabatan porang dilakukan dengan progam MEGA 5 . Sebelum dilakukan kedua analisis di atas sekuen intron trn L terlebih dahulu dianalisis dengan beberapa program diantaranya: sequence scanner untuk membaca hasil sekuen, Blast untuk mencocokkan gen target dengan Genbank , MEGA 5 untuk membuat multiple alignment antara sekuen intron tnr L, bioedit 7.0.9.0 untuk mengetahui perubahan basa nukleotida yang terjadi, dnasp5 untuk mengetahui variabilitas genetik. Hasil pengamatan morfologi menunjukkan bahwa warna braktea porang bervariasi mulai dari merah muda, hijau muda sampai hijau tua dan hijau kehitaman. Warna umbi porang bervariasi mulai dari kuning, kuning kecoklatan, kuning orange dan kuning kemerahan. Warna daun porang bervariasi mulai dari hijau muda sampai hijau tua sedangkan warna tangkai daun bervariasi dari hijau muda sampai hijau kehitaman dengan bercak putih. Rasio diameter tajuk dan tinggi total tanaman paling tinggi ada