Analisis Clustering Varian Amorphophallus muelleri Blume yang Tumbuh di Jawa Timur Berdasarkan Marka PCR-RFLP Gen CSLA Pengkode Mannan Synthase
| Main Author: | Priyanti, NovieAry |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/157819/ |
Daftar Isi:
- Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ciri morfologi, kandungan glukomanan, dan analisis clustering varian porang yang berasal dari beberapa daerah, yaitu Blitar, Madiun, Nganjuk dan Jember berdasarkan sekuen gen pengkode glukomanannya gen CslA. Ciri morfologi tanaman porang yang di dapat dari keempat daerah tersebut menunjukkan adanya variasi. Hal tersebut terlihat dari perbedaan corak tangkai daunnya. Berdasarkan perbedaan corak tangkai daun pada tanaman porang yang diamati dapat dikelompokkan menjadi tiga kelompok, yaitu (1) bertangkai daun hijau dan bercorak prismatik besar yang dimiliki oleh varian porang yang berasal dari Blitar I, Jember I, dan Madiun I, (2) bertangkai daun hijau dan bercorak prismatik kecil yang dimiliki oleh varian porang dari daerah Blitar 2, Madiun 2, dan Nganjuk I, dan kelompok (3) bertangkai daun hijau dan tangkai daun bercorak prismatik besar bergaris yang dimiliki varian dari Jember 2 dan Nganjuk 2. Berdasarkan analisis kandungan glukomanan didapatkan hasil bahwa kandungan glukomanan tertinggi dimiliki oleh varian porang yang berasal dari daerah Blitar 2 yaitu sebesar 5,47 %, dan kandungan glukomanan terendah dimiliki oleh varian porang yang berasal dari Madiun 2 yaitu sebesar 0,23 %. Perbedaan kandungan glukomanan dari berbagai varian porang yang diamati ini terjadi karena adanya perbedaan umur panen tanaman porang yang diamati. Amplifikasi menggunakan primer AkCSLA1288R dan AkCSLA680F memperlihatkan bahwa amplikon terletak pada ukuran 300 bp. Analisis selanjutnya menggunanakan teknik RFLP dengan enzim restriksi HaeIII memperlihatkan pita hasil pemotongan yang bersifat monomorfik karena semua isolat porang yang diuji menghasilkan potongan pita pada ukuran yang sama yaitu pada ukuran 1000 bp dan 2000 bp, dan polimorfik karena hanya sampel tertentu yang menghasilkan pita pada ukuran-ukuran tertentu. Terdapat delapan pita yang bersifat polimorfis, yaitu pita yang terletak pada 100 bp, 150 bp, 170 bp, 190 bp, 200 bp, 250 bp, 350 bp, dan 400 bp. Hal ini menunjukkan bahwa teknik PCR-RFLP yang dilakukan pada sekuen gen CslA pengkode glukomanan menggunakan primer AkCSLA1288R dan AkCSLA680F dan enzim restriksi HaeIII dapat menunjukkan keragaman genetik pada varian porang yang diuji. Hasil analisis clustering menggunakan dendogram hubungan kekerabatan dapat dibagi menjadi 3 kelompok. Kelompok I tersiri dari 3 varian porang, yaitu Jember 1, Blitar 1, dan Madiun 1.kelompok II terdiri dari 3 varian porang yaitu Jember 2, Nganjuk 2, dan Nganjuk 1. Kelompok III hanya terdiri dari 1 varian porang saja yaitu Blitar 2. Pengelompokan berdasarkan analisis ciri genetik ini sejalan dengan karakteristik morfologinya. Pada kelompok yang memiliki jarak genetik terdekat di kelompok I memiliki ciri morfologi corak tangkai daun berbentuk prismatik besar dan warna daging umbi oranye kekuningan. Pada varian yang memiliki jarak genetik terdekat kedua yaitu Jember 2 dan Nganjuk 2 memiliki ciri morfologi corak tangkai daun berbentuk prismatik dan daging umbi berwarna oranye.