Kajian Gen Pengkode Pola Pigmen dan Profil Protein pada Ikan badut Hitam (Amphiprion percula)
| Main Author: | Kusumawati, Daniar |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2011
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/157677/ |
Daftar Isi:
- Dalam perkembangan budidaya ikan badut hitam ( Amphiprion percula ) sebagai upaya konservasi menemui kendala yaitu munculnya degenaratif pola pigmen pada populasi hasil budidaya jika dibandingkan dengan populasi alam. Karakter fenotip pola pigmen merupakan salah satu karakter yang dikontrol secara genetik. Diketahui bahwa terdapat 94 gen dan 285 alel yang berperan dalam perkembangan normal warna dan pola pigmen pada ikan hias zebra Danio rerio , tiga diantaranya adalah gen tyrosinase, Mitf, dan endothelin receptor b1. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji peran gen tyrosinase, Mitf, dan endothelin receptor b1 dalam mengkode pola pigmen ikan Badut hitam ( Amphiprion percula ) serta peran lingkungan terhadap profil protein berdasarkan karakter fenotip. Penelitian ini dilaksanakan di Balai Besar Perikanan Budidaya Laut Gondol Propinsi Bali dan di Laboratorium Biologi Molekuler Fakultas MIPA Universitas Brawijaya, Malang. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah populasi alam yang diwakili oleh koleksi induk-induk ikan Badut dari habitat alami dan populasi budidaya yang diwakili oleh koleksi benih-benih hasil budidaya. Masing-masing sampel diseleksi berdasarkan karakter fenotip yang muncul kemudian di lakukan ekstrasi DNA dengan menggunakan QIAamp DNA Mini Kit Qiagen (50). Kemudian analisis gen pengkode warna tyrosinase, Mitf dan endothelin receptor b1 (ednrb1) dilakukan dengan mengamplifikasi genom ikan badut hitam menggunakan primer tyr (tyrosinase), nac (mitf), dan rose (ednrb1) melalui program speedy PCR. Selanjutnya dilakukan analisis SSCP (single strand confirmation polymorphism) untuk mengidentifikasi variasi genetic dari gen-gen pengkode warna (tyrosinase, Mitf, endothelin receptor b1). Sedangkan untuk mengetahui peran lingkungan terhadap profil protein pada organ kulit yang dilakukan dengan ekstraksi protein menggunakan metode eletroforesis SDS PAGE. Sampel yang digunakan adalah sampel populasi budidaya yang dipelihara dalam dua kondisi lingkungan berbeda yaitu indoor dan outdoor. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa primer rose (ednrb1) belum dapat mengamplifikasi genom DNA ikan badut hitam. Sedangkan primer tyr (tyrosinase) dan nac (mitf) dapat mengamplifikasi genom DNA ikan badut hitam pada target sequence 70 bp dan 200 bp. Berdasarkan pola pita fragmentasi amplicon prime tyr dan nac hasil analisis SSCP menunjukkan ketiadaan korelasi dengan pola degeneratif pola pigmen pada ikan badut hitam. Pada eksperimen pemeliharaan dengan dua kondisi yang berbeda yaitu outdoor dan indoor menunjukkan adanya korelasi positif antar profil pita protein kulit dengan pola pigmen ikan badut hitam. Diketahui bahwa intensitas cahaya merupakan faktor eksternal yang diketahui memberikan korelasi positif terhadap migrasi pola pigmen.