Filogenetik Ular Kobra (Genus: Naja) di Pulau Jawa, Sumatra dan Wilayah Asia Lainnya Berdasarkan Mitokondrial DNA 16S rRNA
| Main Author: | Putri, MulyadianeMeishinta |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/154798/ |
Daftar Isi:
- Tujuan penelitian ini adalah untuk mengestimasi hubungan kekerabatan dari Genus Naja di Pulau Jawa, Sumatra dan wilayah Asia lainnya berdasarkan mitokondrial 16S rRNA. Metode penelitian yang dilakukan yaitu isolasi DNA sesuai standar protocol QIAmp®DNA Mini Kit, amplifikasi, sekuensing dan analisis data. Isolasi DNA menggunakan jaringan dari Naja Sumatrana Muller, 1890 dan Naja sputatrix F. Boie. 1827 serta sampel Naja atra, Naja kaouthia, Naja naja dan Genus Naja di kawasan Asia diambil dari data hasil sekuensing di GenBank selanjutnya diuji kualitatif dengan elektoforesis dan diamplifikasi dengan primer 16SAR (F) 5’CGCCTGTTTATCAAAACAT3’ dan 16 SBR (R) 5’ CCGGTCTGAACTCTCAGATCAGGT 3’. Analisis filogenetik menggunakan Maximum Parsimony (MP), Maximum Likelihood (ML) dan Bayesian Inference. Hasil penelitian menujukkan terbentuk 3 clade (A, B, C) dari Genus Naja di Paparan Sunda, Cina dan India. Clade A terdiri dari spesies N. sputatrix (Jawa Tengah, Jawa Timur) dan N. Sumatrana (Sumatra, Thailand). Clade B terdiri dari spesies N. atra dan N. naja (Cina, India), serta clade C yang merupakan kelompok outgroup (Ophiophagus hannah). Nilai uncorrected pdistance antara Genus Naja di Paparan Sunda sangat rendah antara 1- 3 %, serta nilai tertinggi pada spesies N. naja dan N. atra sebesar 9- 12%. Filogenetik dan distribusi genus Naja dipengaruhi oleh terjadinya proses evolusi Paparan Sunda.