Diversitas Genetik Antarpopulasi Porang (Amorphophallus Muelleri Blume) Di Jawa Tengah Dan Jawa Barat Berdasarkan Marker Second Intron Leafy
| Main Author: | Nikmah, IsnaArofatun |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2015
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/154285/ |
Daftar Isi:
- Porang (Amorphophallus muelleri Blume) tersebar dan tumbuh baik di pulau Jawa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui diversitas genetik antarpopulasi porang di Jawa Tengah dan Jawa Barat berdasarkan sekuen second intron LEAFY (genom inti pengkode perkembangan bunga). Sampel DNA berasal dari penelitian sebelumnya, yang didapatkan dari Jawa Tengah (Pamedaran, Grobogan, Wonogiri, Karangtengah) dan Jawa Barat (Cisompet) sebagai ingroup. A. variabilis dari Pamedaran Brebes, A. ochroleucus, A. longituberosus, A. sumawongii, dan A. tinekeae dari genbank sebagai outgroup. Sampel DNA diamplifikasi menggunakan primer FLint2 F1 5’- CTTCCACCTCTACGACCAGTG-3’ dan FLint2 R1 5’- TCTTGGGCTTGTTGATGTAGC-3’. Hasil analisis menggunakan dnasp5 menunjukkan bahwa 23 sampel memiliki 89 situs invariable dan 139 situs variable yang terdiri 12 situs singleton two variants, 118 situs parsimony-informative two variants dan 9 situs parsimonyinformative three variants. Haplotype yang dihasilkan sebanyak 7 haplotype dimana 16 individu dari sampel ingroup mengumpul pada haplotype 1 sedangkan 2 individu ingroup lainnya (populasi Grobogan) memisah ke dalam haplotype 2, dan sampel outgroup membentuk haplotype masing-masing. Jarak genetik sampel ingroup bernilai 0-0,004 yang menunjukkan sedikit sekali perbedaan antar individu. Pohon filogenetik dari metode Maximum Parsimony, Neighbor Joining dan Maximum Likelihood bersifat politomi pada sampel ingroup kecuali sampel Grobogan yang membentuk sub klad tersendiri.