Analisa Kekerabatan Rusa Bawean (Axis Kuhlii) Di Taman Safari Indonesia Ii Prigen Berdasarkan Sekuen Gen Cyt-B Dengan Metode Polymerase Chainreaction
| Main Author: | Aziizalita, Seruni Ummi |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/13897/1/Seruni%20Ummi%20Aziizalita.pdf http://repository.ub.ac.id/13897/ |
Daftar Isi:
- Rusa Bawean adalah satwa endemik Indonesia yang memiliki status critically endangered. Penelitian tentang kekerabatan salah satunya menggunakan marker mtDNA dikarenakan sifat yang hanya diturunkan dari induk betina. Gen Cyt-b yang merupakan bagian dari mtDNA, baik digunakan untuk determinasi kekerabatan filogenetik pada berbagai spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat kekerabatan antar individu rusa Bawean dan sekaligus ingin mengetahui jarak genetik antara rusa Bawean dengan rusa Babi dari data NCBI menggunakan sekuen gen Cytb. DNA didapatkan dari sampel wholeblood rusa Bawean di Taman Safari Indonesia II Prigen. Sampel rusa Bawean di Taman Safari Indonesia II Prigen yang diambil berjumlah 4 ekor, dimana diambil dari 31 populasi rusa Bawean disana. Sampel wholeblood diisolasi DNA menggunakan QIAamp® DNA Mini Kit. Primer yang digunakan dalam metode PCR adalah primer forward (CYTB_F)5’- GACAAAGCAACCTTAACCCG-3’ dan primer reverse (CYTB_R)5’- CGTTGTTTGGATGTGTGGAG-3’. Hasil PCR dilakukan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing dianalisa menggunakan program Bioedit dan NCBI BLAST dengan accession number HQ893538.1 untuk rusa Bawean dan MF435989.1 untuk rusa Babi. Hasil penelitian jarak genetik antara HQ893538.1 dengan keempat sampel rusa Bawean dan antar individu sampel rusa Bawean berada dibawah 2% dengan rentang 0,3-1,38%, dimana rentang tersebut untuk perbandingan pada mamalia. Jarak genetik interspesies antara rusa Babi (MF435989.1) dan keempat sampel rusa Bawean mendapatkan hasil berada di rentang 0,93-10,31%. Sequence diversity intraspesies pada sampel rusa Bawean berada pada rentang 0,25-2,74% rentang tersebut didapatkan dari penelitian sebelumnya pada rusa Sambar, dan interspesies antara sampel rusa Bawean dengan rusa Babi (MF435989.1) berada dibawah standar reverensi yaitu dibawah 5,97%. Kesimpulan penelitian ini, jarak genetik intraspesies keempat rusa Bawean Taman Safari Indonesia II Prigen berada dibawah 2%. Berdasarkan jarak genetik interspesies dan posisi pohon filogenetik, rusa Bawean TSI berbeda kekerabatan dengan rusa Babi