Karakteristik Pola Pita DNA Marker Kandidat Gen Pertumbuhan dan Ekspresinya dalam Pertambahan Bobot Badan pada Sapi Madura di Pamekasan
| Main Author: | YuliHaryaniNurpah |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2006
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/136060/1/050801328.pdf http://repository.ub.ac.id/136060/ |
Daftar Isi:
- Pengumpulan data penelitian dilaksanakan September 2005 sampai Maret 2006. Pengambilan data fenotip dan sampel darah dilaksanakan di Desa Potoan Jaya, Kecarnatan Palengaan, Kebupaten Pamekasan, kemudian dilakukan analisa genotip di Laboratoriurn Biologi Molekuler Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik pola pita DNA marker kandidat gen pertumbuhan Sapi Madura di Pamekasan pada pertambahan bobot badan bervariasi. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai salah satu informasi dalam pelaksanaan seleksi sapi Madura. 10 ekor sapi Madura betina dengan umur hampir seragam sekitar 18 bulan, ditimbang bobot badannya dengan timbangan digital. Penimbangan dilakukan dua kali, penimbangan pertama pada tanggal 14 Juli 2005 dan dilakukan pengambilan sampel darah dari vena jugularis menggunakan venoject-vacuntainer yang telah diisi EDTA steril, kemudian sampel darah dianalisa di laboratorium. Penimbangan kedua pada tanggal 8 September 2005, kemudian diukur pertambahan bobot badannya. Analisa. sampel darah di laboratorium meliputi isolasi DNA, estimasi kemurnian dan konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer, amplifikasi DNA dengan metode PCR menggunakan primer GHE5F (5TAGGGGAGGGTGGAAAATGGA-3) dan GHE5R (5-GACACCTACTCAGACAATGCG-3), elektroforesis gel agarosa 2% DNA PCR produk, pemotongan DNA PCR produk dengan metode RFLP menggunakan enzim HaeIII (sisi pernotongan GG↓CC), dan elektroforesis gel agarosa 2% DNA produk pemotongan. Hasil amplifikasi dan permotongan yang terekspresi pada gel agarosa, didokumentasi menggunakan kamera polaroid kemudian dianalisa secara deskriptif Hasil pelacakan DNA marker kandidat gen pertumbuhan dengan PCR RFLP pada sapi Madura di Pamekasan menghasilkan 4 pola pemotongan atau haplotipe dan 3 sub-haplotipe., dihasilkan 5 fragmen DNA pada pemotongan dengan enzim Haelll, dengan ukuran: 450bp, 375bp, 25bp, 200bp dan 125bp. Dari hasil pelacakan tersebut tampak bahwa DNA marker kandidat gen pertumbuhan sapi Madura di Pamekasan teridentifikasi adanya polimorfisme. Ekspresi fenotipik (pertambahan bobot badan) dari masing-masing haplotipe menunjukkan perbedaan walaupun tidak spesifik. Disimpulkan bahwa karakteristik DNA marker kandidat gen pertumbuhan sapi Madura di Pamekasan melalui pelacakan dengan metode PCR-RFLP menunjukkan adanya polimorfisme genetik menjadi 4 haplotipe dan 3 subhaplotipe, yang mengekspresikan perbedaan sifat pertambahan bobot badan meskipun tidak spesifik. Untuk memperoleh pola yang nyata disarankan untuk menambah jumlah sampel dan mencoba primer yang lain.