Optimalisasi Polymerase Chain Reaction (Pcr) Rna Pcp Dengan Enzim Restriksi Ecori Pada Mikroalga Laut Dunaliella Salina Yang Di Kultur Secara In Vivo
| Main Author: | FiqieZulfikarSya`roni |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/135437/1/ARTIKEL_SKRIPSI-FIQIE_ZULFIKAR_SYA%27RONI-125080101111029-MSP.pdf http://repository.ub.ac.id/135437/2/SKRIPSI-FIQIE_ZULFIKAR_SYA%27RONI-125080101111029-MSP.pdf http://repository.ub.ac.id/135437/ |
Daftar Isi:
- Dunaliella salina merupakan alga hijau dari family Polyblepharidaceae yang bersifat uniseluler, memiliki dua flagellata, bersifat motil, serta tidak mengandung dinding sel (Jayappriyan et. al., 2013). Dunaliella salina mempunyai beberapa pigmen salah satunya adalah Peridinin chlorophyll protein (PCP) yang dapat berfungsi sebagai pemanen cahaya dalam proses fotosintesis. Untuk mendeteksi peridinin chlorophyll protein (PCP) pada mikroalga laut Dunaliella salina dapat dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Dalam melakukan metode PCR sering dihasilkan amplifikasi DNA yang belum optimal sehingga tidak terlihat dalam visualisasi pita DNA pada gel elektroforesis. Berdasarkan hal tersebut perlu dilakukan penelitian mengenai optimalisasi polymerase chain reaction (PCR) RNA peridinin chlorophyll protein (PCP) menggunakan enzim restriksi EcoRI pada Dunaliella salina untuk mengetahui pengaruh penggunaan enzim restriksi EcoRI dalam mengoptimalkan PCR sehingga dapat menghasilkan pemotongan DNA PCP yang spesifik pada mikroalga laut Dunaliella salina. Pada penelitian ini menggunakan metode deskriptif eksploratif, dalam hal ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penggunaan enzim restriksi EcoRI dalam mengptimalisasi polymerase chain reaction (PCR) RNA Peridinin Chlorophyll Protein (PCP) pada mikroalga laut Dunaliella salina. Langkah awal dalam penelitian yaitu mengkultur mikroalga laut Dunaliella salina secara In vivo dalam skala laboratorium. Setelah itu dilakukan isolasi RNA Dunaliella salina yang bertujuan untuk memisahkan molekul RNA dari molekul-molekul lain yang tidak diinginkan. Hasil isolasi RNA diukur konsentrasinya menggunakan Nanodrop Spektrofotometri. Setelah itu dilakukan proses amplifikasi DNA menggunakan PCR. Selanjutnya hasil amplifikasi DNA dielektroforesis untuk mengetahui panjang pasangan basa (base pair). Setelah diketahui panjang pasangan basa, maka hasil dari amplifikasi DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoRI, lalu di elektroforesis kembali menggunakan gel agarosa untuk mengetahui hasil potongan dari RNA PCP Dunaliella salina menggunakan enzim restriksi EcoRI. Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan menunjukkan penggunaan enzim restriksi EcoRI menghasilkan pemotongan DNA spesifik pada 185 bp (base pair), sehingga hasil visualisasi dari RNA PCP pita terlihat jelas. Dalam penelitian ini optimalisasi PCR dilakukan dengan perlakuan suhu anneling yang tepat dan pemilihan primer PCP yang tepat. Perlakuan suhu annealing yang terlalu tinggi dan terlalu rendah mengakibatkan primer yang digunakan tidak dapat melekat pada tempat yang spesifik sehingga tidak diperoleh hasil amplifikasi DNA target. Berdasarkan hal tersebut dapat disimpulkan bahwa penggunaan enzim restriksi EcoRI berpengaruh dalam mengoptimalkan polymerase chain reaction (PCR) RNA peridinin chlorophyll protein (PCP) pada mikroalga laut Dunaliella salina.