Review Optimalisasi Polymerase Chain Reaction (Pcr) Rna Pcp Dengan Enzim Restriksi Hindiii Pada Mikroalga Laut Nannochloropsis Oculata Yang Di Kultur Secara In Vivo
| Main Author: | VavaArdikaHarnawan |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/135376/1/SKRIPSI_VAVA_ARDIKA_HARNAWAN-125080107111008_MSP_FPIK.pdf http://repository.ub.ac.id/135376/2/ARTIKEL_VAVA_ARDIKA_HARNAWAN_125080107111008_MSP_FPIK.pdf http://repository.ub.ac.id/135376/ |
Daftar Isi:
- Mikroalga atau fitoplankton merupakan produsen primer di perairan karena mampu berfotosintesis seperti layaknya tumbuhan tingkat tinggi lainnya. Salah satu contoh mikroalga yaitu Nannochloropsis oculata dari golongan alga hijau chlorophyceae. N.oculata memiliki pigmen Peridinin chlorophyll protein (PCP) yang berperan dalam proses fotosintesis dan berpotensi sebagai sebagai zat antioksidan. Mengingat PCP didalam N.oculata memiliki peran dan potensi yang besar, hal ini memicu permintaan yang semakin bertambah memungkinkan PCP ini untuk dapat dikembangkan lebih lanjut. Untuk mendeteksi dan mengembangkan PCP secara cepat dan akurat dapat dilakukan secara molecular menggunakan teknik reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Optimalisasi perlu dilakukan untuk mengefisienkan penggunaan bahan dan waktu. Dalam proses amplifikasi pada saat berlangsungnya RT-PCR sering dihasilkan visualisasi amplifikasi cDNA yang belum optimal sehingga pita cDNA tidak terlihat. Berdasarkan hal tersebut maka diperoleh rumusan masalah, yaitu bagaimana mengoptimalkan metode RT-PCR RNA PCP N.oculata menggunakan enzim restriksi HindIII. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode deskriptif dan eksploratif. Metode deskriptif dan eksploratif dalam penelitian ini bertujuan untuk mencari metode yang tepat dalam mengoptimalkan RT-PCR RNA PCP pada N. oculata. Selain itu juga untuk mengetahui tingkat kecocokan situs pemotongan enzim restriksi HindIII terhadap target panjang basa PCP (310 bp) pada N. oculata menggunakan teknik RT-PCR. Langkah awal dalam penelitian ini yaitu mengkultur mikroalga N. oculata dalam skala laboratorium dan intermediate. Setelah itu dilakukan isolasi RNA total N.oculata. Hasil isolasi RNA diukur kadar total RNA menggunakan nanophotometer. Setelah itu dilakukan proses RT-PCR, dimana RNA total ditranskripsikan menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase. Selanjutnya dilakukan proses amplifikasi meliputi denaturasi, annealing, dan elongasi. Setelah itu cDNA yang dihasilkan dari RT-PCR dipotong menggunakan enzim restriksi HindIII untuk mengetahui tingkat kecocokan situs pemotongan enzim restriksi HindIII terhadap target panjang basa PCP (310 bp), lalu di elektroforesis menggunakan gel agarosa untuk mengetahui hasil visualisasi cDNA PCP N.oculata. Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan menunjukkan metode yang tepat dalam mengoptimalkan RT-PCR dilakukan dengan menggunakan kit yang tepat dalam proses isolasi RNA, yaitu RNA kit plant GeneAid. Dalam penelitian ini suhu penempelan primer annealing yang optimal yaitu pada suhu 52 oC. Sedangkan penggunaan enzim restriksi HindIII menghasilkan fragmen pemotongan RNA 200 bp, 250 bp, dan 310 bp. Pada salah satu situs pemotongan menunjukkan terdapat kecocokan dengan menghasilkan situs pemotongan 310 bp, hal ini sesuai dengan target panjang basa PCP yaitu 310 bp pada Nannochloropsis oculata.