Keragaman Dan Konektivitas Genetik Ikan Hiu Menggunakan Gen Mitokondria Cytochrome C Oxidase Subunit 1 (Coi)
| Main Author: | Ma`rufah |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2015
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ub.ac.id/134448/1/Laporan_115080600111015_Ma%27rufah.pdf http://repository.ub.ac.id/134448/ |
Daftar Isi:
- Ikan hiu merupakan kelompok ikan bertulang rawan (elasmobranchii) yang sering dimanfaatkan karena memiliki nilai ekonomis yang tinggi. Penangkapan ikan hiu semakin meningkan dan sebagian nelayan menjadikannya sebagai hasil tangkapan utama. Umumnya ikan hiu yang diperdagangkan hanya berupa potongan sirip atau bagian tubuh lainnya sehingga susah dikenali jenisnya serta dikontrol. Laju pertumbuhan yang lamban dan lama untuk mencapai matang seksual menyebabkan ikan hiu rentan terhadap kepunahan jika mengalami penangkapan yang berlebih. Publikasi mengenai ikan ini juga masih sedikit terutama mengenai keragaman dan konektivitas genetik. Informasi ini sangat penting untuk mencerminkan sumber genetik dan peluang hidup ikan hiu di lingkungan. Informasi keragaman dan konektivitas genetik perlu dilakukan identifikasi spesies terlebih dulu menggunakan teknik DNA barcoding. Teknik ini mampu mengidentifikasi spesies menggunakan urutan sekuen DNA pendek. Penanda genetik yang diganakan adalah gen Cytochrome Oxidase I (COI) yang mampu mengidentifikasi semua spesies hewan dan memiliki nilai akurasi yang tinggi. Metode yang digunakan untuk identifikasi molekuler meliputi koleksi sampel, ekstraksi DNA dengan Chelex 10% dan amplifikasi DNA dengan PCR menggunakan primer fish BCH dan fish BCL. Tahap berikutnya dilakukan elektroforesis untuk memvisualisasikan hasil amplifikasi DNA, sekuensing dan analisis sekuen DNA yang diperoleh. Total sampel yang digunakan sebanyak 12 sampel dan 28 tambahan dari database Genbank. Variasi DNA sampel memiliki panjang sekuen 670-695 bp yang didominasi oleh pasang basa A-T 58.8 – 67.8%. Keragaman genetik tergolong sedang pada spesies S. lewini, R. australiae, R. ancylostoma dan A. pelagicus dengan nilai masing-masing 0.667, 0.533, 0.600 dan 0.700. Spesies G. cuvier, H. elongata, C. falciformis lebih rendah keragaman genetiknya 0.000, 0.000 dan 0.400. Metode rekonstruksi pohon filogenetik digunakan Neighbor joining (NJ) dan jenis pohon yang dipilih adalah unrooted tree. Pohon membentuk tiga vii percabangan oleh internal node yang menunjukkan konektivitas dari ordo Carcharhiniformes, Lamniformes dan Pristisformes. Setiap sesies menunjukkan adanya konektivitas dari tiga lokasi berbeda.