Analisis Keragaman Filogenetik Bakteri Asam Laktat Asal Feses Orangutan (Pongo pygmaeus) Berdasarkan Sekuen 16s rRNA
Daftar Isi:
- Bakteri Asam Laktat (BAL) adalah salah satu probiotik yang terdapat dalam saluran pencernaan dan memiliki kemampuan untuk melawan bakteri patogen. Penggunaan probiotik diharapkan dapat menjadi pilihan utama dalam menangani kasus penyakit gangguan pencernaan khususnya pada primata. Metode molekuler untuk klasifikasi dan identifikasi bakteri berdasarkan filogenetik menggunakan parameter yang tidak bergantung pada kondisi pertumbuhan dan media yang digunakan sehingga mampu menghasilkan hasil yang lebih akurat. Metode molekuler untuk klasifikasi dan identifikasi bakteri yang umumnya digunakan saat ini adalah analisis sekuen gen 16s rRNA atau 23s rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik molekuler dan kekerabatan bakteri asam laktat asal feses orangutan berdasarkan analisa sekuen 16s rRNA. Isolat bakteri yang digunakan berasal dari penelitian Prasthani (2012) yang diambil dari Taman Safari Indonesia (TSI) II Prigen-Pasuruan sebanyak enam sampel. Karakterisasi BAL dilakukan secara molekuler dengan amplifikasi gen 16s rRNA dengan teknik PCR menggunakan primer universal 16s rRNA. Analisa sekuen dilakukan dengan metode BLAST melalui National Center for Biotechnology Information (NCBI) (online) untuk mengetahui profil kekerabatan (filogenetik) antara hasil sekuensing dengan gen BAL yang berada di Gene Bank. Hasil penelitian menunjukan BAL hasil isolasi feses orangutan dari enam sampel berdasarkan sekuen 16s rRNA merupakan Pediococcus sp., Enterococcus sp., Lactobacillus acidophilus, dan Lactobacillus casei. Analisis filogeni menunjukkan bahwa spesies BAL yang diisolasi dari feses orangutan merupakan ingroup dan memiliki kekerabatan yang dekat.