Deteksi Cepat Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir (Dianthus caryophyllus L.)
| Main Authors: | Diningsih, Erniawati; Balai Penelitian Tanaman Hias, Suastika, Gede; Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB Darmaga, Damayanti, Tri Asmira; Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB Darmaga, Susanto, Slamet; Institut Pertanian Bogor, Kampus IPB Darmaga |
|---|---|
| Format: | Article info application/pdf eJournal |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Indonesian Center for Horticulture Research and Development
, 2017
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/5988 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/5988/6580 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/downloadSuppFile/5988/302 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/downloadSuppFile/5988/303 |
Daftar Isi:
- Carnation mottle virus (CarMV) merupakan virus penting pada tanaman anyelir di Indonesia maupun di dunia. Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau sumber induk anyelir bebas virus. Tujuan penelitian adalah mengevaluasi tiga metode preparasi RNA total yang mudah dan cepat dari tanaman anyelir sebagai templat one step RT-PCR. Sumber RNA total adalah dari daun dan batang anyelir terinfeksi CarMV. Metode yang dievaluasi yaitu SDT, SEM, dan kit komersial sebagai pembanding. Optimasi dilakukan terhadap konsentrasi akhir primer (0.4 – 1.0 μM) dan MgCl2 (1.5 dan 2.0 mM). Metode SDT dan SEM berhasil mendapat RNA total dari tanaman anyelir baik dari sampel daun maupun batang. Keberhasilan yang didapat dengan metode SDT dan SEM sebanding dengan kit komersial. One step RT-PCR RNA total yang digabungkan dengan metode SDT dan SEM menghasilkan intensitas DNA yang sebanding dengan kit komersial. RNA total dari daun sebagai sumber templat one step RT-PCR terbaik dibandingkan batang. Preparasi RNA total dengan metode SDT dan SEM adalah metode cepat, mudah, dan murah dalam menyediakan templat one step RT-PCR. Konsentrasi primer 0.4 μM dan MgCl2 2 mM merupakan konsentrasi optimum dan menghasilkan hasil amplifikasi terbaik