Deteksi Virus-Virus pada Kentang di Jawa Barat dengan Menggunakan Teknik Molekuler
| Main Authors: | Damayanti, Tri Asmira; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680, Kartika, R; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680 |
|---|---|
| Format: | Article info application/pdf eJournal |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Indonesian Center for Horticulture Research and Development
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237/2778 |
| ctrlnum |
article-3237 |
|---|---|
| fullrecord |
<?xml version="1.0"?>
<dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"><title lang="en-US">Deteksi Virus-Virus pada Kentang di Jawa Barat dengan Menggunakan Teknik Molekuler</title><creator>Damayanti, Tri Asmira; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680</creator><creator>Kartika, R; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680</creator><subject lang="en-US">Solanum tuberosum; CMV-S; PVY-NTN; Deteksi molekuler</subject><description lang="en-US">ABSTRAK. Gejala infeksi virus ditemukan bervariasi di sentra pertanaman kentang di Jawa Barat (Rancabali, Pangalengan, dan Bayongbong). Diagnosis virus berdasarkan gejala sulit untuk menentukan identitas suatu virus. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mendeteksi virus-virus pada tanaman kentang dengan teknik molekuler. Sebanyak 50 sampel daun dikoleksi secara acak dari tanaman kentang yang bergejala di setiap lokasi. Parameter yang diamati adalah gejala, kejadian penyakit, dan runutan DNA virus yang dominan ditemukan. Kejadian penyakit ditentukan dengan uji serologi menggunakan antiserum PVY, PVX, PVS, dan CMV, sedangkan deteksi asam nukleat dilakukan dengan RT-PCR dan perunutan DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala yang ditemukan bervariasi pada daun kentang, seperti vein clearing, vein banding, rugose, dan malformasi daun. Kejadian penyakit oleh PVY, PVX, PVS, dan CMV di Rancabali berturut-turut adalah 28%, 0%, 0%, dan 28%, di Pangalengan adalah 80%, 24%, 2%, dan 82%, serta di Bayongbong adalah 82%, 0%, 6%, dan 74%. RT-PCR menggunakan primer spesifik PVY dan CMV berhasil mengamplifikasi gen coat protein PVY dan CMV asal Bayongbong masing-masing  berukuran ~800 pb dan ~650 pb. Homologi nukleotida dan asam amino PVY asal Bayongbong terhadap PVY dari negara lain berkisar 89,5–99,7% dan 92,0–100%. Homologi tertingginya yaitu dengan PVY-NTN asal Cina dan Jepang, sedangkan homologi nukleotida dan asam amino CMV asal Bayongbong terhadap CMV asal negara lain berkisar 87,6–96,9% dan 86,9–93,7%. Homologi tertingginya yaitu dengan CMV strain soybean stunt (S) asal Bogor (Indonesia). Kedua strain virus (PVY-NTN dan CMV-S) pertama kali terdeteksi pada kentang di Jawa Barat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasinya kedua strain virus baru harus dipertimbangkan sebagai pembatas penting produksi kentang di Jawa Barat</description><publisher lang="en-US">Indonesian Center for Horticulture Research and Development</publisher><contributor lang="en-US"/><date>2016-04-13</date><type>Journal:Article</type><type>Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion</type><type>Journal:Article</type><type>File:application/pdf</type><identifier>http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237</identifier><identifier>10.21082/jhort.v25n2.2015.p171-179</identifier><source lang="en-US">Jurnal Hortikultura; Vol 25, No 2 (2015): Juni 2015; 171-179</source><source>2502-5120</source><source>0853-7097</source><language>eng</language><relation>http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237/2778</relation><rights lang="en-US">Copyright (c) 2016 Tri Asmira Damayanti, R Kartika</rights><rights lang="en-US">http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0</rights><recordID>article-3237</recordID></dc>
|
| language |
eng |
| format |
Journal:Article Journal Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion Other File:application/pdf File Journal:eJournal |
| author |
Damayanti, Tri Asmira; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680 Kartika, R; Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian IPB, Jln. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680 |
| title |
Deteksi Virus-Virus pada Kentang di Jawa Barat dengan Menggunakan Teknik Molekuler |
| publisher |
Indonesian Center for Horticulture Research and Development |
| publishDate |
2016 |
| topic |
Solanum tuberosum CMV-S PVY-NTN Deteksi molekuler |
| url |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/3237/2778 |
| contents |
ABSTRAK. Gejala infeksi virus ditemukan bervariasi di sentra pertanaman kentang di Jawa Barat (Rancabali, Pangalengan, dan Bayongbong). Diagnosis virus berdasarkan gejala sulit untuk menentukan identitas suatu virus. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mendeteksi virus-virus pada tanaman kentang dengan teknik molekuler. Sebanyak 50 sampel daun dikoleksi secara acak dari tanaman kentang yang bergejala di setiap lokasi. Parameter yang diamati adalah gejala, kejadian penyakit, dan runutan DNA virus yang dominan ditemukan. Kejadian penyakit ditentukan dengan uji serologi menggunakan antiserum PVY, PVX, PVS, dan CMV, sedangkan deteksi asam nukleat dilakukan dengan RT-PCR dan perunutan DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala yang ditemukan bervariasi pada daun kentang, seperti vein clearing, vein banding, rugose, dan malformasi daun. Kejadian penyakit oleh PVY, PVX, PVS, dan CMV di Rancabali berturut-turut adalah 28%, 0%, 0%, dan 28%, di Pangalengan adalah 80%, 24%, 2%, dan 82%, serta di Bayongbong adalah 82%, 0%, 6%, dan 74%. RT-PCR menggunakan primer spesifik PVY dan CMV berhasil mengamplifikasi gen coat protein PVY dan CMV asal Bayongbong masing-masing berukuran ~800 pb dan ~650 pb. Homologi nukleotida dan asam amino PVY asal Bayongbong terhadap PVY dari negara lain berkisar 89,5–99,7% dan 92,0–100%. Homologi tertingginya yaitu dengan PVY-NTN asal Cina dan Jepang, sedangkan homologi nukleotida dan asam amino CMV asal Bayongbong terhadap CMV asal negara lain berkisar 87,6–96,9% dan 86,9–93,7%. Homologi tertingginya yaitu dengan CMV strain soybean stunt (S) asal Bogor (Indonesia). Kedua strain virus (PVY-NTN dan CMV-S) pertama kali terdeteksi pada kentang di Jawa Barat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasinya kedua strain virus baru harus dipertimbangkan sebagai pembatas penting produksi kentang di Jawa Barat |
| id |
IOS436.article-3237 |
| institution |
Kementrian Pertanian |
| institution_id |
72 |
| institution_type |
library:special library |
| library |
Perpustakaan Kementrian Pertanian |
| library_id |
123 |
| collection |
Jurnal Hortikultura |
| repository_id |
436 |
| subject_area |
Agriculture, Biological Sciences & Forestry |
| city |
JAKARTA SELATAN |
| province |
DKI JAKARTA |
| repoId |
IOS436 |
| first_indexed |
2016-09-24T00:24:25Z |
| last_indexed |
2016-09-24T00:24:25Z |
| recordtype |
dc |
| merged_child_boolean |
1 |
| _version_ |
1800741149470621696 |
| score |
17.13294 |