Keragaman Genetik Populasi Tetua Saudara Kandung (Sibs) Kelapa Sawit Dura Deli Berdasarkan Penanda DNA Mikrosatelit
| Main Authors: | SOLIN, NIDA W.N.M.; Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, IPB Jalan Meranti, Kampus IPB Dramaga Bogor 16680, SOBIR, nFn; Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, IPB Jalan Meranti, Kampus IPB Dramaga Bogor 16680, MATHIUS, NURITA TOURAN; Plant Production and Biotechnology Division, PT. SMART TBK Jalan Raya Cijayanti KP. Pasar Maung RT.004 / 006, Bogor 168810 |
|---|---|
| Other Authors: | Institut Pertanian Bogor |
| Format: | Article info application/pdf eJournal |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/palma/article/view/5350 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/palma/article/view/5350/4543 |
Daftar Isi:
- Mikrosatelit merupakan penanda yang sangat efisien untuk mengevaluasi struktur keragaman genetik pada genus Elaeis. Dura Deli merupakan materi genetik yang digunakan sebagai tetua dalam program pemuliaan kelapa sawit yang perlu diketahui potensi genetiknya sebelum digunakan dalam perakitan varietas baru maupun produksi benih. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik tetua saudara kandung (sibs) Dura Deli kelapa sawit berdasarkan penanda DNA mikrosatelit. Dua populasi Dura Deli hasil selfing dengan 30 sampel per populasi digunakan untuk dianalisis dengan 27 primer mikrosatelit. Pola pita DNA menunjukkan bahwa terdapat 20 primer yang polimorfik dan 7 primer yang monomorfik pada sampel yang diuji, dengan jumlah alel 2 sampai 5. Persentase lokus polimorfik yang diperoleh sebesar 96,30% dengan rata-rata nilai PIC 0,50. Analisis keragaman genetik menggunakan analisis PCoA, struktur, maupun NTSys, memisahkan populasi tetua Dura Deli menjadi dua kelompok besar sesuai asal usul tetuanya. Hasil klaster analisis menunjukkan formasi kedua grup berdasarkan keragaman genetiknya. Grup A, dengan keragaman genetik ~20%, merupakan hasil selfing Dura Deli 1. Sedangkan Grup B, dengan keragaman genetik ~ 28% merupakan hasil selfing Dura Deli 2. Kedua bahan genetik ini memiliki keragaman genetik yang rendah di dalam kelompok, namun keragaman genetik cukup tinggi antar kelompok (~32%), sebagaimana dikonfirmasi dengan menggunakan PCoA dan Struktur. Keragaman genetik yang rendah intra populasi tetua tersebut memungkinkan untuk digunakannya sebagai materi persilangan, dalam perakitan varietas baru maupun produksi benih sawit. Kata kunci: Kelapa Sawit, Dura Deli, lokus polimorfik, analisis kluster, keragaman genetik.ABSTRACTGenetic Diversity of Deli Dura Oil Palm’s Elder Siblings Population based on Microsatellite MarkersMicrosatellite is a marker that highly efficient to evaluate the genetic diversity structure of Elaeis genus. Dura Deliis the genetic material that is used as a parent in breeding programs palm, before is used as the crosses material for new varieties’s assembly or oil production’s seed production. This study is aimed to elucidate genetic diversity information. Two populations of Dura Deli selfing with 30 samples per population used to be analyzed with 27 microsatellites. Deoxyribose Nucleic Acid banding pattern indicates that there are 20 polymorphic and 7 monomorphic markers on samples tested, with the number of alleles from 2 to 5. The percentage of polymorphic loci obtained at 96.30 % with an average PIC value of 0.48. Analysis of genetic diversity using PCoA, structure or NTSys separating the Dura Deli parental populations into two major groups corresponding to the origin. The results of cluster analysis showed the formation into two groups based on their genetic diversity. Group A, with ~ 20% genetic diversity, is the result of Dura Deli 1 selfing. While Group B, with ~28% genetic diversity is the result of Dura Deli 2 selfing. The genetic material has a low genetic diversity within the group but higher genetic diversity between group (~32 %), as well as confirmed by PCoA and Structure. Those less genetic diversity intra population allows to be used as the crosses material for new varieties’s assembly or oil production’s seed production.