Genetic Characterization of Several Promising Accession on Jatropha Curcus L.based on RAPD Maker
| Main Authors: | Maftuchah, Maftuchah, Zainudin, Agus, Purwati, Rully Dyah, Sudarmo, Hadi |
|---|---|
| Format: | Article PeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, Bogor
, 2011
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://eprints.umm.ac.id/54161/19/Peer%20Review-Maftuchah%20-%20Genetic%20Characterization%20Jatropha%20Curcas%20L%20RAPD%20Molecular%20Marker%20Promising%20Accession.pdf http://eprints.umm.ac.id/54161/20/Similarity-Maftuchah%20Zainudin%20Purwati%20Sudarmo%20-%20Genetic%20Characterization%20Jatropha%20Curcas%20L%20RAPD%20Molecular%20Marker%20Promising%20Accession.pdf http://eprints.umm.ac.id/54161/18/Maftuchah%20Zainudin%20Purwati%20Sudarmo%20-%20Genetic%20Characterization%20Jatropha%20Curcas%20L%20RAPD%20Molecular%20Marker%20Promising%20Accession.pdf http://eprints.umm.ac.id/54161/ http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jptip/article/view/2069 |
Daftar Isi:
- Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik dan hubungan kekerabatan berbagai aksesi jarak pagar terpilih berdasarkan analisa molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penelitian menggunakan 13 aksesi Jatropha curcas yang memiliki potensi produksi tinggi (HS-49, SP-16, SP-38, SP-8, SM-33, SP-34, SM-35, 1P-1A, 1P-1M, 1P-1P, 1P-2A, 1P-2M dan 1P-2M. Isolasi DNA genom J.curcas dilaksanakan dengan metode Zheng yang dimodifikasi. Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan menggunakan 10 primers RAPD (primer OPA 2, OPA 9, OPA 13, OPA 15, OPA 18, OPA 19, OPA 20, OPF 8, OPF 10, dan OPF 15). Produk PCR yang dihasilkan digunakan untuk menentukan tingkat kekerabatan menggunakan Un-weighted Pair-Group Method With Arithmetic (UPGMA) dan diagram filogenetik dengan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) versi 1.8. Kesepuluh primer yang digunkan mampu mengamplifikasi DNA jarak pagar dengan jumlah produk pita antara 4 (primer OPA 19) hingga 10 pita DNA (OPA 9), dengan ukuran pita 72-1.078 bp. Primer OPA 13 tidak dapat memberikan perbedaan pita DNA. Hasil analisis kekerabatan menunjukkan adanya dua kelompok utama. Kelompok pertama terdiri atas aksesi HS-49, SP-16, SP-18, SP-8, SM-33, SM-35, dan SP-34 (koefisien 0,80). Dalam kelompok pertama, SP-38 berkelompok dengan SP-8, dan SM-33 dengan SM-35 (koefisien 0,91). Kelompok kedua terdiri atas aksesi 1P-1A, 1P-1M, 1P-1P, 1P-2A, 1P-M, dan 1P-2P (koefisien 0,78). Dalam kelompok kedua, 1P-1A berkelompok dengan 1P-1M (koefisie 0,85), 1P-1P dengan 1P-2M (koefisien 0,87), dan 1P-2A dengan 1P-2P (koefisien 0,90). Selanjutnya, kelompok pertama dan kelompok kedua membentuk kekerabatan pada koefisien 0,66