Optimasi Amplifikasi Gen FliC Dengan Metode PCR Untuk Deteksi Salmonella Typhi Galur Indonesia
Daftar Isi:
- Salmonella typhi, bakteri penyebab demam tifoid, pada umumnya hanya memiliki satu jenis tipe gen flagel, yaitu H1-d, yang diekspresikan oleh fliC, yang berukuran sekitar 1,5 kb. Beberapa isolat yang hanya ditemukan di Indonesia, mempunyai antigen H1-j, yang memiliki perbedaan pada gen fliC karena adanya delesi 261 pb bila dibandingkan dengan antigen H1-d. Salmonella typhi tersebut memiliki sifat motil dan virulensi yang berbeda, namun bagaimana hubungan antara sifat tersebut dengan perbedaan di tingkat gen belum banyak diketahui. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mencari kondisi PCR untuk mengamplifikasi gen fliC menggunakan primer fliC-FWD dan fliC-REV agar dapat dipakai untuk membedakan Salmonella typhi H1-d dan H1-j, sehingga dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut. Sampel yang digunakan adalah DNA hasil isolasi kromosom darah pasien yang diperoleh dari Rumah Sakit Immanuel Bandung. Proses amplifikasi dikerjakan dengan menggunakan templat hasil isolasi kromosom dengan pengenceran 1000× dengan konsentrasi primer masing-masing 25 μM. PCR dilakukan dalam 30 siklus, 94°C selama 60 detik, 45°C selama 60 detik, dan 68°C selama 120 detik. Analisis dengan elektroforesis gel agarosa 1% menunjukkan adanya pita antara 1 sampai 2 kb