ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA UDANG GALAH (Macrobrachium rosenbergii) MENGGUNAKAN GEN 16S rRNA
| Main Author: | NURHAYATI, AI HESTI |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
https://eprints.untirta.ac.id/2291/1/ISOLASI%20DAN%20IDENTIFIKASI%20BAKTERI%20PADA%20UDANG%20GALAH%20%28Macrobrachium%20rosenbergii%29%20MENGGUNAKAN%20GEN%2016S%20rRNA.PDF https://eprints.untirta.ac.id/2291/ https://faperta.untirta.ac.id/ |
Daftar Isi:
- AI HESTI NURHAYATI. 2018. Iolasi dan Identifikasi Bakteri pada Udang Galah (Macrobrachium rosenbergii) Menggunakan Gen 16S rRNA. Dibimbing oleh ACHMAD NOERKHAERIN PUTRA, MAS BAYU SYAMSUNARNO, dan SUTANTI Bakteri menyerang udang pada saat udang dalam keadaan stres dan lemah, oleh karena itu bakteri termasuk oportunistik patogen. Penyakit yang disebabkan oleh bakteri menjadi masalah utama pada budidaya udang khususnya pada larva/benih udang. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri patogen dan non patogen yang terdapat pada udang galah menggunakan Gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan pada bulan Maret sampai Mei 2018 di Laboratorium Bioakuakultur BPPT Serpong. Metode penelitian yang digunakan yaitu metode sekuensing. Sekuen yang diperoleh diubah dalam format FASTA kemudian dilakukan BLAST. Pengerjaan BLAST dilakukan pada https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi dengan mengacu pada petunjuk manual dalam situs tersebut. Tipe BLAST yang digunakan adalah nucleotide BLAST. Primer yang digunakan yaitu primer 9F dan primer 1541R. Susunan primer adalah sebagai berikut, 9F (5’GAGTTTGATCCTGGGTCAG3’) dan 1541R (5’AAGGAGGTGATCCAGCC3’). Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptif berbentuk tabel dan gambar yaitu penyajian data tentang morfologi, karakteristik dan uji bakteri gram (+) dan (-) dari isolasi bakteri udang galah (hepatopankreas, insang, kaki renang) dan dibandingkan dengan morfologi dan karakteristik bakteri dengan literatur yang sesuai. Sampel yang teridentifikasi yaitu terdiri dari 5 sampel (sampel insang nomor 1, insang nomor 8, sampel insang nomor 12, hepatopankreas nomor 15, hepatopankreas nomor 16 dan pleopod nomor 13). Hasil yang diperoleh dari penelitian ini teridentifikasi 3 bakteri yang terdapat pada sampel udang galah SIRATU yang diperoleh dari bak pemeliharaan. Udang galah yang dipakai merupakan udang galah yang terserang penyakit dengan tanda-tanda corak hitam dibagian kaki renang, warna tubuh udang agak gelap kekuningan dan terdapat bagian-bagian organ udang yang mengalami kerusakan. Sampel yang diisolat dari insang, hepatopankreas dan pleopod yaitu terdapat bakteri dengan genus Exiguobacterium indicium, Vogesella perlucida dan Aeromonas veronii. E. indicium merupakan bakteri dapat hidup pada tekanan suhu ekstrim yaitu -5°C. V. perlucida merupakan bakteri yang diisolat dari mata air. Bakteri ini termasuk dalam kelas betaproteobacteria yang mencakup tiga spesies heterotrofik yang didapatkan dari isolasi air tawar dengan kolam tanah. Kedua bakteri tersebut merupakan bakteri gram positif. A. veronii dapat ditemukan dimana-mana, terutama di perairan yang mengandung bahan organik tinggi. Disamping itu, bakteri ini dapat tumbuh pada suhu 4 – 45°C, meskipun lambat dan tumbuh optimum pada suhu 37°C. Hasil analisis pohon filogenetik menggunakan metode neighbor- joining. Kata Kunci: Aeromona veronii, Exiguobacterium indicium, Gen 16s rRNA, Udang Galah, Vogesella perlucida.