IDENTIFIKASI PADI (Oryza sativa L.) LOKAL INDONESIA TERHADAP GEN YANG MENYANDIKAN RASA ENAK MELALUI MARKA SSR (Simple Sequence Repeats)
| Main Author: | PATNASARI, PUTRI |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
https://eprints.untirta.ac.id/2284/1/IDENTIFIKASI%20PADI%20%28Oryza%20sativa%20L.%29%20LOKAL%20INDONESIA%20TERHADAP%20GEN%20YANG%20MENYANDIKAN%20RASA%20ENAK%20MELALUI%20MARKA%20SSR%20%28Simple%20Sequence%20Repeats%29.PDF https://eprints.untirta.ac.id/2284/ https://faperta.untirta.ac.id/ |
Daftar Isi:
- Putri Patnasari. 2019. Identifikasi Padi (Oryza sativa L.) Lokal Indonesia Terhadap Gen yang Menyandikan Rasa Enak Melalui Marka SSR (Simple Sequence Repeats). Dibawah bimbingan Rusmana dan Susiyanti. Varietas lokal padi memiliki sifat tahan/toleran terhadap cekaman biotik maupun abiotik yang terjadi pada agroekosistem spesifik terkait. Faktor rasa dapat dijadikan sebagai parameter ukur dalam menentukan suatu kualitas tanaman dilihat dari sudut pemenuhan kebutuhan yang didapatkan. Berbagai metode menggunakan marka molekuler telah banyak diterapkan untuk pengujian varietas, di antaranya marka mikrosatelit atau marka SSR (Simple Sequence Repeats). Marka SSR memiliki beberapa keunggulan, di antaranya memiliki tingkat polimorfisme tinggi, bersifat kodominan, memiliki akurasi tinggi dan terdapat berlimpah di genom. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi padi lokal Indonesia yang mempunyai sifat rasa enak dan menentukan kekerabatan antar aksesi padi lokal Indonesia berdasarkan marka yang terpaut sifat rasa enak. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kuantitatif yang dilaksanakan di Greenhouse dan Laboratorium Bioteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, serta di Laboratorium Bioteknologi PT. Sinar Mas Agro Resources and Technology (PT. SMART Tbk.) pada bulan Maret sampai dengan bulan Agustus 2018. Penelitian ini diawali dengan isolasi DNA dari daun padi dengan metode Doyle & Doyle (1987) yang termodifikasi menggunakan 6 marka SSR diantaranya RM510, GBSS1, SBE1, SS1, AMS, dan CBG. Selanjutnya adalah proses PCR yang hasilnya dielektroforesis menggunakan gel agarose 1% dengan pewarnaan gel red dan hasilnya didokumentasikan dengan Chemidoc Transilluminator EQ Biorad. Hasil amplifikasi adalah gambar band (pita DNA) diberi nilai (scoring) berupa nilai biner untuk membentuk dendogram dengan program NTSYS. Dendogram digunakan untuk melihat tingkat kekerabatan antara 20 padi yang diuji. Hasil amplifikasi 6 primer marka SSR terpaut sifat rasa enak pada 20 aksesi atau varietas menunjukkan adanya alel bersifat polimofis. Hasil analisis kekerabatan genotipe dari 20 aksesi atau varietas padi berdasarkan 6 marka SSR mengelompok menjadi 3 klaster pada pada nilai kemiripan (similarity level) 0,788 atau 78,8%. Semua aksesi padi lokal Indonesia yang berada di klaster I (Tunggul Hideung, Kewal Bulu Hideung, Kuriak Kusuik Tinggi, Bendang Pulau, Roti, Kewal Sampai Putih, Bulu Putih, Kewal Benur, Kambang, Cerai, Pandan Wangi, Amas, Situ Bagendit, dan Pandan Ungu) ataupun klaster III (Pare Ketan dan Pare Gajah) diduga memiliki kandidat gen sifat rasa enak karena kemiripannya masih dekat atau tinggi yaitu sebesar 0,78 atau 78% dengan varietas yang dijadikan sebagai kontrol positif sifat rasa enak yaitu Rojolele Delanggu, Ciherang, Cisadane, dan IR64. Tetapi untuk aksesi Pare Ketan dan Pare Gajah karena mengelompok sendiri dan memiliki keragaman atau jarak genetik yang tinggi dengan aksesi atau varietas lainnya maka diduga gen rasa enak pada kedua varietas tersebut tidak dominan. Hasil penelitian ini dapat dijadikan sebagai acuan guna penelitian lebih lanjut dan diperlukan pengujian fenotipe, organoleptik serta analisis fisikokimia dari setiap aksesi atau varietas padi yang perlu diamati.