Identifikasi Grup Filogenetik dan Gen Virulen, serta Resistansi Antibiotik Karbapenem pada isolat Escherichia coli Resistan Kolistin di Bogor, Jawa Barat
| Main Author: | Rahayuningtyas, Irma |
|---|---|
| Other Authors: | Indrawati, Agustin, Wibawan, I Wayan Teguh |
| Format: | Thesis application/pdf |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
IPB University
, 2020
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/104197 |
Daftar Isi:
- Kontaminasi Escherichia coli patogen di sepanjang rantai suplai ayam pedaging telah menjadi perhatian serius bagi kesehatan masyarakat. Infeksi E. coli patogen yang bersifat multiresistan terhadap antibiotik dapat menyebabkan kegagalan pengobatan. Beberapa studi telah membuktikan bahwa avian pathogenic E. coli (APEC) dan extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) pada manusia menunjukkan adanya kemiripan genetik, terutama pada gen virulennya. Tujuan penelitian ini adalah melakukan identifikasi grup filogenetik dan gen virulen, serta menguji resistansi antibiotik karbapenem pada isolat arsip E. coli resistan kolistin yang berasal dari rantai suplai ayam pedaging di Bogor, Jawa Barat. Limapuluh delapan isolat dikarakterisasi menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) untuk menentukan grup filogenetiknya (A, B1, B2, atau D) dan mendeteksi profil gen virulennya menggunakan marker genetik APEC (iutA, hlyF, iss, iroN, dan ompT). Pengujian resistansi terhadap antibiotik karbapenem dilakukan dengan metode disk diffusion. Deteksi karbapenemase dilakukan dengan metode modified carbapenem inactivation method (mCIM) dan EDTA carbapenem inactivation method (eCIM), selanjutnya deteksi gen penyandi resistansi blaNDM dan blaKPC menggunakan metode PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat E. coli arsip yang termasuk dalam grup filogenetik A adalah 34.48%, D 34.48%, B1 17.24% dan B2 13.79%. Deteksi gen virulen menunjukkan adanya ekspresi gen iutA (36%), hlyF (21%), ompT (21%), iroN (10%) dan iss (9%). Grup filogenetik B2 menunjukkan adanya kombinasi gen virulen lebih banyak. Gen virulen iroN, hlyF dan ompT mempunyai asosiasi positif dengan grup filogenetik B2 (P ≤ 0.05). Pengujian resistansi terhadap antibiotik golongan karbapenem menunjukkan 10.34% (6/58) isolat resistan dan 22.41% (13/58) intermediate terhadap imipenem, serta keseluruhan isolat sensitif terhadap meropenem. Hasil deteksi karbapenemase menunjukkan isolat resistan dan intermediate terhadap antibiotik imipenem termasuk dalam serin karbapenemase. Tidak ditemukan adanya ekspresi gen penyandi karbapenemase blaKPC dan blaNDM pada isolat resistan dan intermediate tersebut. Keberadaan isolat E. coli patogen yang memiliki gen virulen marka APEC yang berada dalam plasmidnya, membuktikan bahwa rantai suplai daging ayam berpotensi sebagai reservoir gen virulen ExPEC pada manusia. Ditemukannya isolat yang resistan terhadap kolistin dan imipenem merupakan alarm yang penting bagi kesehatan masyarakat dan hewan.