Skrining Turunan Flavonoid sebagai Kandidat Inhibitor Protease nsP2 dari Virus Chikungunya menggunakan Molecular Docking
| Main Author: | Khoirul Faqih; Mahasiswa |
|---|---|
| Format: | PeerReviewed eJournal |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
SKRIPSI Jurusan Kimia - Fakultas MIPA UM
, 2018
|
| Online Access: |
http://karya-ilmiah.um.ac.id/index.php/kimia/article/view/73617 |
Daftar Isi:
- ABSTRAK Faqih, Khoirul. 2018. Skrining Turunan Flavonoid sebagai Kandidat Inhibitor Protease nsP2 dari Virus Chikungunya menggunakan Molecular Docking. Skripsi, Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Dr. Yahmin, S.Pd., M.Si., (II) Dr. Suharti, S.Pd., M.Si. Kata Kunci: flavonoid, protease nsP2, virus chikungunya, molecular docking Protease nsP2 dari virus chikungunya merupakan salah satu protein non struktural. Protein non struktural memainkan peranan penting dalam replikasi virus chikungunya. Hal tersebut menjadikan protease nsP2 berpotensi sebagai target yang harus diinhibisi karena peranannya yang sangat penting dalam replikasi genom dari virus chikungunya. Inhibisi protease nsP2 akan menghambat perkembangbiakan virus yang berakibat pada pemutusan siklus hidup virus. Salah satu senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor adalah senyawa turunan flavonoid. Senyawa turunan flavonoid dipilih sebagai inhibitor karena telah terbukti sebagai antivirus untuk virus influenza, herpes, dan demam berdarah. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa turunan flavonoid yang berpotensi sebagai inhibitor protease nsP2 dari virus chikungunya dengan metode molecular docking dan mengkaji interaksi apa saja yang terjadi antara senyawa turunan flavonoid hasil skrining dengan protease nsP2 dari virus chikungunya. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif dengan cara membandingkan nilai binding affinity hasil molecular docking dan visualisasi molekul antara senyawa turunan flavonoid dengan protease nsP2 dari virus chikungunya. Rancangan dalam penelitian ini diawali dengan tahap studi literatur yang relevan. Molecular docking dilakukan dengan software PyRx 0.8. Senyawa kelompok flavonoid yang diuji terdiri dari enam kelompok, yaitu flavon, flavonol, isoflavonoid, flavanon, kalkon, dan antosianin yang berpotensi sebagai inhibitor protease nsP2 dari virus chikungunya. Dari enam kelompok flvanoid tersebut diambil empat senyawa berdasarkan nilai binding affinity terbaik. Masing-masing senyawa tersebut yaitu, sianidin, kation delpinidin, malvidin, peonidin, arbutin, kalkon naringenin, phloretin, phlorizin, baicalein, galangin, luteolin, rhoifolin, kaempferol, myricetin, quersetin, rutin, hesperidin, hesperitin, naringenin, naringin, daidzin, genistein, genistin, dan glisitein. Visualisasi molekul hasil proses molecular docking dengan software Edu PyMOL, LIGPLOT+, dan Dicsovery Studio digunakan untuk mengkaji interaksi apa saja yang terjadi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa setelah melalui proses molecular docking menggunakan software PyRx 0.8, senyawa turunan flavonoid yang berpotensi sebagai inhibitor dari enam kelompok flavonoid, yaitu hesperidin, rhoifolin, myricetin, genistin, peonidin, phlorizin yang mempunyai nilai root means square deviation (RMSD) senilai 0Å dengan nilai binding affinity berturut-turut -9,4; -8,5; -8,1; -7,9; -7,6; dan -6,9 kkal/mol. Hasil visualisasi molekul menggunakan software Edu PyMOL, LIGPLOT+, dan Dicsovery Studio secara umum menunjukkan terjadinya interaksi hidrofobik dan terbentuknya ikatan hidrogen. Berdasarkan hal tersebut dapat disimpulkan bahwa hesperidin yang merupakan golongan flavanon memiliki potensi yang lebih dari senyawa golongan flavonoid yang lain dengan nilai binding affinity sebesar -9,4 kkal/mol.