Analisis Keragaman Genetik Kerbau Rawa Kalimantan Berbasis Restriction Fragment Length Polymorphisms-DNA (RFLP-DNA) sebagai Sumber Belajar di Sekolah Menengah Atas dan Perguruan Tinggi di Kalimantan Selatan. (Tesis)
| Main Author: | Khairunnisa Khairunnisa |
|---|---|
| Format: | PeerReviewed |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2009
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://karya-ilmiah.um.ac.id/index.php/disertasi/article/view/1053 |
Daftar Isi:
- Kerbau rawa Kalimantan merupakan fauna endemik, sebagai plasma nutfah diKalimantan Selatan (Kalsel). Kerbau ini tersebar di beberapa daerah rawa. Sebagaiplasma nutfah populasi kerbau ini perlu dijaga dan dilestarikan. Sayangnya selama inihanya dilakukan pendataan keragaman fenotip saja, belum ada genetik untukmengetahui tingkat keragaman genetik yang bisa memperbaiki mutu genetiknya.Salah satu teknik molekuler untuk analisis keragaman genetik ini adalah RFLP-DNA.Penelitian ini bertujuan: (1) mengetahui keragaman fenotip kerbau rawaKalimantan di beberapa daerah rawa di Kalimantan selatan; (2) mengetahuikeragaman genetik berbasis RFLP-DNA kerbau rawa Kalimantan di beberapa daerahrawa di Kalimantan selatan; (3) mengetahui implikasi hasil penelitian ini sebagaisumber belajar di sekolah menengah atas dan perguruan tinggi di Kalimantan selatan.Jenis penelitian ini merupakan penelitian eksploratif untuk mengungkapkeragaman fenotip dan keragaman genetik kerbau rawa Kalimantan melalui analisisDNA dengan teknik RFLP-DNA. Data keragaman fenotip yang dikaji berupa datapengamatan dan pengukuran fenotip, sedangkan keragaman genetik dilihat darivariasi jumlah dan ukuran fragmen, proporsi lokus polimorfik, frekuensi alel, sertakekerabatan (jarak genetik) diantara individu-individu dari beberapa populasi yangdiambil menggunakan software Multi Variate Statistical Package (MVSP) yangditampilkan dalam bentuk dendogram menggunakan metode Unweighted Pair GroupMethode with Arithmatic Average (UPGMA). Penelitian dilakukan di LaboratoriumUniversitas Negeri Malang, laboratorium biotek Universitas Muhammadiyah Malang,dan laboratorium biologi molekuler Universitas Brawijaya Malang pada bulan Junisampai Desember 2008.Hasil analisis data keragaman fenotip berdasarkan pengukuran denganparameter lingkar badan, ukuran kepala, panjang leher, panjang ekor, panjang tanduk,panjang kaki, dan panjang tubuh total menunjukkan dari 7 sampel yang dianalisisterdapat variasi ukuran, namun tidak berbeda jauh. Begitupula data pengamatanfenotip berdasarkan parameter yang diamati seperti bentuk tubuh, warna tubuh, warnamata, bentuk ekor, dan bentuk tanduk menunjukkan adanya variasi yang cukupterlihat pada warna tubuh dan bentuk tanduk, sedangkan parameter lainnya tidak jauhberbeda. Selanjutnya untuk data genetik terdapat keragaman genetik kerbau rawaKalimantan pada tiga populasi yang diambil yaitu Awayan, Telaga Selaba dan SungaiBuluh. Keragaman ini ditunjukkan oleh (1) adanya variasi ukuran fragmen DNAdengan menggunakan enzim HaeIII total variasi fragmen adalah 31 sedangkan PstIiv38, (2) nilai lokus polimorfik tertinggi pada restriksi menggunakan HaeIII adalah0,60 pada populasi Awayan, dan terendah adalah 0,33 pada populasi Telaga Selaba.Sedangkan pada restriksi menggunakan enzim PstI proporsi lokus polimorfiktertinggi senilai 0,85 pada populasi Telaga Selaba dan terendah pada populasi SungaiBuluh yaitu 0,33. (3) Nilai frekuensi alel juga menunjukkan adanya polimorfismerelatif tinggi pada tiga populasi karena prosentase frekuensi alel baik menggunakanHaeIII maupun PstI nilainya ada berkisar 50%, (4) data kekerabatan pada masingmasingindividu baik menggunakan gabungan enzim HaeIII dan PstI menunjukkanadanya hubungan kekerabatan pada tiga populasi. Jarak genetik tertinggi dengan nilaisimilaritas 0,457 anatar sampel K4 dari populasi Telaga Selaba dan K5 dari SungaiBuluh. Jarak genetik terendah dari kekerabatan seluruh populasi dengan nilai 0,196.Berdasarkan hasil penelitian ini disarankan (1) Perlunya manajemenpemeliharaan kerbau rawa Kalimantan termasuk sistem perkawinannya agardiperoleh mutu genetik yang berkualitas dan tidak meningkatnya individu-individuhomozigot yang bisa menurunkan perfomansi kerbau dan rentan penyakit. Hal inikarena walaupun data keragaman genetik yang diperoleh masih tinggi namunmekanisme inbreeding di lapanagan masih tinggi, (2) Untuk menganalisis keragamangenetik kerbau rawa Kalimantan sebaiknya digunaan enzim HaeIII sebab rentanganvariasi lebih tinggi jika dibandingkan enzim PstI, (3) Untuk memperoleh akurasiyang lebih tinggi dari data keragaman genetik kerbau rawa Kalimantan sebaiknyadiambil jumlah sampel yang lebih besar pada masing-masing populasi bahkan kalauperlu jumlah populasinya ditambah, (4) Sebaiknya dilakukan teknik analisiskeragaman yang lebih tinggi sampai tataran gen tertentu misalnya teknik PCR-RFLPmenggunakan gen pertumbuhan (growth hormone) agar diperoleh akurasi datagenetik yang tinggi dan bisa dikaitkan lebih jauh dengan keragaman fenotipnya, (5)Implementasi hasil penelitian berupa modul pembelajaran untuk SMA dan modulpraktikum untuk perguruan tinggi sebagiknya diuji cobakan ke SMA dan PT agarbisa diketahui efektifitas dan responnya terhadap modul tersebut