IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS NEWCASTLE DISEASE SEBAGAI KANDIDAT SEED VAKSIN BIVALEN DENGAN H5N1 MENGGUNAKAN TEKNOLOGI KNOCKOUT PENELITIAN EKSPLORATIF LABORATORIS
| Main Author: | ARIF NUR MUHAMMAD ANSORI, 061714453008 |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2019
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.unair.ac.id/91375/1/TVI.%2004-19%20Ans%20i%20ABSTRAK.pdf http://repository.unair.ac.id/91375/2/TVI.%2004-19%20Ans%20i%20DAFTAR%20ISI.pdf http://repository.unair.ac.id/91375/3/TVI.%2004-19%20Ans%20i%20DAFTAR%20PUSTAKA.pdf http://repository.unair.ac.id/91375/4/TVI.%2004-19%20Ans%20i%20BR.pdf http://repository.unair.ac.id/91375/ http://lib.unair.ac.id |
Daftar Isi:
- Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat homologi nukleotida, analisis filogenetika molekuler, penentuan tipe patogenesitas virus, dan analisis prediksi epitop serta imunogenisitasnya. Sampel tersebut dilakukan inokulasi pada telur ayam berembrio (TAB) dan dilakukan identifikasi menggunakan uji hemaglutinin (HA), hemaglutinasi inhibisi (HI), rapid test dengan POCKITTM Central Nucleic Acid Analyzer. Selanjutnya dilakukan ekstraksi RNA menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Jerman), setelah itu dilakukan pemeriksaan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan primer MSF1 (forward) dan MSF2 (reverse) dengan target pita 700 bp. Hasil dari pemeriksaan RT-PCR dilanjutkan dengan sekuensing nukleotida untuk masing-masing sampel. Urutan nukleotida kemudian dilakukan analsis homologi nukleotida menggunakan Needleman-Wunsch Global Align Nucleotide Sequences di NCBI, sedangkan penentuan tipe patogenesitas virus dan pembuatan pohon filogenetika molekuler dilakukan dengan BioEdit versi 7.0 dan Mega X. Analisis prediksi epitop sel B digunakan platform daring Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) (www.iedb.org) dan VaxiJen v2.0 (www.ddg-pharmfac.net/vaxijen) untuk melakukan prediksi imunogenisitasnya. Hasil penelitian ini mendapatkan bahwa isolat NDV1 yang diisolasi dari Tangerang, memiliki tingkat homologi mencapai 79-81% dengan virus ND yang berasal dari Indonesia. Sedangkan isolat NDV2 yang diisolasi dari Surabaya, memiliki tingkat homologi mencapai 89-96% dengan virus ND yang berasal dari Indonesia. Hasil analisis filogenetika molekuler menunjukkan bahwa isolat NDV2 memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan virus ND yang berasal dari Indonesia. Motif cleavage site dari isolat NDV1 adalah 112GRQGRL117 (avirulen), sedangkan isolat NDV2 adalah 112RRRKRF117 (virulen). Peptida CKMGSRPSTKNPAP dari isolat NDV1 diprediksi menjadi kandidat epitop imunogenik dengan skor bepipred sebesar 17,08. Penelitian ini telah menunjukkan bahwa virus ND bisa digunakan sebagai bahan untuk penyiapan seed vaksin bivalen ND-H5N1 dengan teknologi knockout sebagai bahan penelitian lanjutan.