ANALISIS KEKERABATAN DAN PREDIKSI EPITOP TERHADAP SEL B GEN PENGKODE PROTEIN F VIRUS NEWCASTLE DISEASE (ND) ISOLAT ANGSA (CYGNUS OLOR)
| Main Author: | NAIMAH PUTRI, 061714453004 |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.unair.ac.id/77154/1/TVI.%2008-18%20Put%20a%20Abstrak.pdf http://repository.unair.ac.id/77154/2/TVI.%2008-18%20Put%20a.pdf http://repository.unair.ac.id/77154/ http://lib.unair.ac.id |
Daftar Isi:
- Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan tingkat homologi nukleotida, analisis hubungan kekerabatan serta prediksi epitop gen pengkode protein F virus Newcastle disease (ND) dari isolat angsa (Cygnus olor). Sampel penelitian berupa swab kloaka 71 ekor unggas air yang diambil dari beberapa wilayah di Surabaya dan Lumajang serta satu kontrol Positif LaSota (ATCC). Sampel diisolasi pada TAB dan diidentifikasi melalui uji HA yang dikonfirmasi dengan uji HI. Sampel positif dilakukan PCR menggunakan primer forward dan reverse dengan target 699 bp. Hasil sekuensing kemudian dianalisis hingga mendapatkan gen yang utuh. Analisis homologi dan kekerabatan dilakukan menggunakan program BLAST Needleman-Wunsch Global Align Nucleotide Sequences dari NCBI dan software BioEdit Ver.8 serta MEGA6 dan prediksi epitop menggunakan program online software IEDB. Hasil analisis homologi diketahui bahwa isolat dalam penelitian ini memiliki homologi yang tinggi dengan beberapa isolat vaksin yang beredar di dunia, hasil analisis filogenetik diketahui bahwa isolat dalam penelitian ini berhubungan dekat dengan isolat vaksin LaSota serta epitop HGKILDPGWRPPGARWAPDLLP pada sampel ND/AG3/2018 lebih berpeluang sebagai kandidat vaksin imunogen berdasarkan prediksi epitop yaitu memiliki angka log skor paling tinggi.