ANALISIS GENETIKA BIVALVIA UNIONIDAE DAN KARAKTERISTIK GENETIKA POPULASI Elongaria orientalis (Lea, 1840) DARI SUNGAI BRANTAS, JAWA TIMUR
| Main Author: | MOCH. AFFANDI, 091070209 |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2017
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.unair.ac.id/71819/1/Dis.%20M.%2010-17%20Aff%20a%20Abstrak.pdf http://repository.unair.ac.id/71819/2/Dis.%20M.%2010-17%20Aff%20a.pdf http://repository.unair.ac.id/71819/ http://lib.unair.ac.id |
Daftar Isi:
- Analisis genetika bivalvia Unionidae dan genetika populasi Elongaria orientalis dari Sungai Brantas dengan menggunakan gen COI, dimaksudkan untuk mendapatkan kepastian tentang identitas status spesies bivalvia Unionidae dari Sungai Brantas dan mengungkap hubungan kekerabatan genetik di antara spesies tersebut, serta mengungkap karakteristik genetika populasi Elongaria orientalis yang merupakan satu-satunya spesies bivalvia air tawar endemik Pulau Jawa. Spesimen sampel bivalvia diambil secara manual pada kedalaman 20—100 cm di enam lokasi di Sungai Brantas. Bagian cangkang kijing dikarakterisasi secara morfologi untuk keperluan identifikasi dan bagian tubuh lunak (otot kaki) diambil untuk keperluan analisis DNA. Analisis DNA mengikuti metode universal dan sistem identifikasi spesies menggunakan teknikteknik biologi molekuler baku, meliputi: isolasi DNA, amplifikasi DNA, konfirmasi hasil PCR, sequencing DNA, analisis sekuen gen COI, pencocokan status spesimen dengan sampel vouchered pada GenBank sequence database dengan NCBI BLAST, dan analisis data dilakukan secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Contradens contradens dan Pilsbryoconcha exilis status taksonominya tetap sama, Pseudodon vondembuschianus terkonfirmasi berubah menjadi Pseudodon cambodjensis, Rectidens sumatrensi terkonfirmasi berubah menjadi Contradens contradens; dan Elongaria orientalis tidak terkonfirmasi karena tidak tersedia voucher yang identik di GenBank sequence database. Berdasarkan kekerabatan genetik, terdapat tiga kelompok spesies bivalvia Unionidae di Sungai Brantas, yaitu Contradens contradens menyusun satu kelompok tunggal, Pilsbryoconcha exilis dan Pseudodon cambodjensis menyusun kelompok kedua, dan Elongaria orientalis membentuk kelompok sendiri yang relatif terpisah dari dua kelompok yang lain. Populasi Elongaria orientalis (Lea, 1840) di sungai Brantas mempunyai diversitas dan jarak genetik yang sangat rendah (bersifat homogen); terdiri dari sembilan haplotype unik, dengan masingmasing haplotype tersusun atas jumlah anggota dan tingkat sebaran pada lokasi sampling yang tidak sama, dan jelas menunjukkan sifat plastisitas ekomorfik sebagai sarana beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Ada indikasi bahwa haplotype ancestral pertama kali muncul di sungai Brantas terdapat di daerah hulu, dan ada kecenderungan haplotype tersebut selanjutnya berevolusif menuju arah hilir.