DESAIN PRIMER GEN E6 Human papillomavirus (HPV) TIPE 16 DAN TIPE 18 PENYEBAB KANKER SERVIKS SECARA MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION
| Main Author: | TRIFEBRIANA, BURLIS |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed Book |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2014
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://scholar.unand.ac.id/9461/1/201410311319st_skripsi%20trifebriana%20burlis-1011014004.pdf http://scholar.unand.ac.id/9461/ |
Daftar Isi:
- Keberhasilan metode Multiplex Polymerase Chain Reaction (MPCR) sangat bergantung pada desain primer yang dihasilkan agar dapat mengamplifikasi gen target dengan spesifik. Digunakan teknik bioinformatika dalam mendesain primer gen E6 Human papillomavirus (HPV) tipe 16 dan tipe 18 yang merupakan penyebab kanker serviks. Sumber data diperoleh dari gene bank NCBI berupa 10 sequence isolat dan satu sequence referensi untuk masing-masing tipe HPV. Analisis primer menggunakan software Primer3plus, AmplifX 1.5.4, dan Oligo analyzer 1.0.3. Primer yang paling baik ialah yang memiliki karakteristik sesuai dengan persyaratan desain primer (berdasarkan posisi conserved, spesifisitas primer, Tm, %GC, panjang primer, Tm mismatch, jumlah pengulangan basa, dan struktur sekunder). Diperoleh karakteristik primer yang paling baik untuk HPV tipe 16 pada primer nomor 4 (forward 5’-CTAAGGGCGTAACCGAAATCG-3’ dan reverse 5’-TCACGTCGCAGTAACTGTTGCT-3’) dengan ukuran amplikon 201 bp. Sedangkan untuk primer HPV tipe 18 yaitu primer nomor 6 (forward 5’-GGCTTGCACAACTATCTCCACT-3’ dan reverse 5’-CACGAAT GGCACTG GCCTCTAT-3’) dengan ukuran amplikon 236 bp.