Thesis Diversitas Genetik Makroalga Indonesia Yang Dominan dan Unik Dari Daerah Pantai Sayang Heulang, Kabupaten Garut, Jawa Barat
| Main Author: | Jannah Sofi Yanty |
|---|---|
| Format: | Book |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://perpustakaan.bppsdmk.kemkes.go.id//index.php?p=show_detail&id=6088 |
Daftar Isi:
- Makroalga atau rumput laut (seaweed) merupakan tumbuhan ganggang multiseluler yang hidup di perairan serta mudah dijumpai hampir di seluruh perairan pantai Indonesia. Makroalga tergolong ke dalam divisi Thallophyta dan terdiri dari kelas alga hijau, alga coklat, dan alga merah. keanekaragaman jenis makroalga perairan Indonesia yang dilaporkan masih terbatas pada keanekaragaman berdasarkan perbedaan fenotip saja, belum secara genetik. Pantai Sayang Heulang merupakan salah satu pantai yang berada di Kabupaten Garut, Jawa Barat, yang menyimpan banyak kekayaan alam termasuk makroalga yang tumbuh secara alami dan tersebar luas di kawasan pantai.Penelitian ini bertujuan untuk memetakan keragaman genetik sumber daya alam laut Indonesia yang belum tereksplor secara optimal, khususnya makroalga di Pantai Sayang Heulang. Penelitian diawali dengan kegiatan sampling makroalga di daerah pantai Sayang Heulang, pada koordinat 107o41'16" - 107o41'24" E dan 7o40'0" - 7o40'6" S, dilanjutkan dengan ekstraksi DNA makroalga metode CTAB dan Wizard Genomic DNA Purification kit (Promega). Selanjutnya dilakukan elektroforesis, amplifikasi PCR gen 18S rRNA daerah V4 dan sekuensing terhadap amplikon fragmen gen 18S rRNA. urutan DNA hasil sekuensing dikonfirmasi oleh BLAST dari database NCBI. Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan software MEGA 6. Penjajaran urutan DNA menggunakan program ClustalW dan inferensi pohon filogenetik dilakukan dengan metode penggabungan tetangga (neighbor joining).Penelitian ini telah berhasil mengoleksi jenis alga hijau, alga merah, dan alga cokolat. Sembilan sampel makroalga telah berhasil dipetakan secara genetik berdasarkan urutan nukleotida gen penanda 18S rRNA daerah V4. Sample GA yang secara morfologi mirip dengan Gelidiella acerosa memiliki urutan gen 18S rRNA daerah V4 (18S rRNA V4) yang mirip dengan Pterocladiella caerulescens, Gelidium australe, dan Pteroclaidiella capillacea yaitu sebesar 99%. GV yang secara morfologi mirip dengan Gracilaria verrucosa memiliki kemiripan 18S rRNA V4 sebesar 94% dengan Gracilaria sp. dan Gracilaria corticata. GSp yang secara morfologi mirip dengan Gracilaria sp, memiliki kemiripan 99% 18S rRNA V4 dengan Gracilaria aff. Mammillaris strain Sao Paulo, Gracilaria chouae, Gracilaria salicornia, dan Gracilaria curtissiae. HSp yang secara morfologi mirip dengan Hypnea sp., memiliki 18S rRNA V4 yang identik 100% dengan Hypnea sp. asiatica dan Hypnea charoides. SB yang secara morfologi mirip dengan Sargassum binderi, memiliki 99% 18S rRNA V4 yang mirip dengan Sargassum vachellianum dan Sargassum thunbergii. SP yang secara morfologi mirip dengan Sargassum polycistum, memiliki 18S rRNA V4 yang mirip 99% dengan Sargassum vachellianum dan Sargassum thunbergii. TC yang secara morfologi mirip dengan Turbinaria conoides, memiliki 99% !*S rRNA V4 yang mirip dengan Cystoseira schiffneri dan Sargassum vachellianum. UF yang secara morfologi mirip dengan Ulva fasciata, memiliki 18S rRNA V4 yang identik 100% dengan Ulva sp. 3K, Ulva fasciata, dan Ulva rigida. GM1 yang secara morfologi mirip dengan Derbesia sp., memiliki kemiripan 99% 18 rRNA V4 dengan Spyridia filamentosa.Hasil penelusuran terhadap urutan 18S rRNA V4 dari sampel makroalga merah menunjukkan bahwa terdapat area yang khas atau kode DNA yang spesifik pada masing-masing makroalga GV, GA dan GSp, yang berbeda dengan makroalga merah lain. Sedangkan pada HSp tidak ditemukan kode DNA spesifik. Sementara itu pada sampel makroalga coklat ditemukan kode DNA spesifik pada SP dan TC, sedangkan pada SB tidak ditemukan. Dan pada sampel makroalga hijau menunjukkan bahwa terdapat kode DNA spesifik pada GM1 sedangkan pada UF tidak ditemukan.Dari 9 sampel makroalga tersebut, 8 sampel memiliki kesesuaian antara analisis morfologi dengan analisis genetik. Sedangkan satu sampel yaitu GM1, secara morfologi mirip dengan Derbesia sp. yang merupakan alga hijau, namun secara genetik menunjukkan kemiripan 18S rRNA V4 tertinggi dengan Spyridia filamentosa yang merupakan jenis alga merah. Penelusuran di GenBank menunjukkan bahwa belum tersedia urutan gen 18S rRNA untuk spesies Derbesia sp. Urutan gen yang tersedia di GenBank untuk Derbesia sp. adalah gen rbcL dan tufA. Hal ini menjadi penyebab sampel GMI yang secara morfologi teridentifikasi sebagai Derbesia sp, secara genetik menggunakan 18S rRNA V4 teridentifikasi sebagai genus makroalga lain. Penelitian ini menyarankan untuk dilakukan analisis genetik lebih lanjut dengan menggunakan gen penanda 18S rRNA daerah variabel lain seperti V2 dan V9 untuk mendapatkan urutan gen yang lebih luas dan meliputi semua jenis makroalga.Kata kunci : biodiversitas, makroalga, gen 18S rRNA, PCR, filogenetik
- 29,5 x 21,7 cm; xvi; 61 hlm