METODE DNA FINGERPRINTING UNTUKANALISIS POPULASI ARCHAEA METANOGEN PADA SAMPEL FERMENTASI BIOGAS SKALA-LAB
| Main Authors: | Liasari, Yusnita, Goeltom, Mangihot Tua |
|---|---|
| Format: | Article PeerReviewed application/pdf |
| Terbitan: |
Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, Universitas Surabaya
, 2012
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.ubaya.ac.id/21546/1/Metode%20DNA_Abstrak_2012.pdf http://repository.ubaya.ac.id/21546/6/Metode%20DNA_2012.pdf http://repository.ubaya.ac.id/21546/ |
Daftar Isi:
- Pene!itian ini ditujukan untuk identifikasi Archaea metanogen yang ada di dalam sampel kotoran sapi yang diinkubasii secara anaerob dengan waktu inkubasi yang berbeda-beda yaitu: 0 minggu, 3 minggu, 6 minggu dan 10 minggu. Identifikasi dilakukan dengan metode ARDRA (Amplified rDNA (Ribosomal DNA) Restriction Analysis) yang diawali dengan isolasi DNA dari sampel feses sapi dengan metode direct DNA isolation, kemudian amplifikasi 16S rDNA Archaea metanogen dilakukan dengan metode PCR yang menggunakan pasangan primer Arch 21F dan Arch 958R lalu dilanjutkan dengan analisa restriksi menggunakan enzim Haeiii dari hasil PCR. Dari hasil isolasi DNA didapatkan DNA genome yang berukuran sangat besar (di atas 10.000 bp) pada setiap sampel, untuk amplifikasi sampel sudah benar didapatkan band 16S rDNA karena sudah sesuai dengan ukuran dari band DNA kontrol positif Methanobrevibacter sp. dan Methanosarcina sp. Kemudian dari hasil restriksi didapatkan pola yang sama pada setiap sampel namun pola tersebut berbeda dengan pola dari kedua kontrol positif, sehingga dapat disimpulkan spesies Archaea metanogen yang ada pada sampel berbeda dengan Methanobrevibacter sp. dan Methanosarcina sp. Dari hasil BLAST untuk sekuen sampel to yang tidak mempunyai waktu inkubasi menunjukkan bahwa spesies memiliki kemiripan 99% dengan uncultured archaean gene for 16S rDNA, partial sequence, clone: K09 1 0 _10. ]adi spesies Archaea yang ada di dalam sam pel tO belum dapat diketahui spesiesnya karena tidak ada pada database.