POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) UNTUK IDENTIFIKASI GEN bfpA, stx1, dan stx2 DARI BAKTERI Escherichia coli YANG TERISOLASI DARI SPESIMEN USAP DUBUR PENJAMAH MAKANAN DI KOTA DENPASAR TAHUN 2015
| Main Authors: | Pradnyani R.S, I Gusti Agung Indah, Budayanti, Ni Nyoman Sri |
|---|---|
| Format: | Article info application/pdf eJournal |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Universitas Udayana
, 2020
|
| Online Access: |
https://ojs.unud.ac.id/index.php/eum/article/view/65449 https://ojs.unud.ac.id/index.php/eum/article/view/65449/36878 |
Daftar Isi:
- Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) merupakan bakteri penyebab tersering pada diare yang terkait dengan foodborne disease. Penjamah makanan, sebagai seseorang yang terlibat dalam proses penangangan makanan, berperan besar dalam transmisi diare, salah satunya adalah sebagai pembawa (carrier) DEC. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen bfpA, stx1, dan stx2 dari E.coli yang terisolasi dari spesimen usap dubur penjamah makanan di Denpasar, Bali. Penelitian deskriptif observasional potong lintang ini menggunakan sampel sebanyak 17 isolat bakteri Escherichia coli yang didapat dari usap dubur penjamah makanan di Denpasar, Bali pada tahun 2015. Setelah dilakukan ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR) digunakan untuk mengamplifikasi DNA tersebut dengan tujuan mengidentifikasi keberadaan gen bfpA, stx1, dan stx2. Hasil amplifikasi kemudian divisualisasi dengan bantuan elektroforesis gel agarose. Dalam penelitian ini, tidak terdeteksi adanya penjamah makanan pembawa gen bfpA yang mewakili patotipe EPEC, sementara lima penjamah makanan terdeteksi sebagai pembawa EHEC dengan rincian satu penjamah makanan terdeteksi keberadaan gen stx1 saja dan pada empat penjamah makanan lainnya terdeteksi keberadaan gen stx2 saja. Tidak ada penjamah makanan yang terdeteksi keberadaan gen stx1 dan stx2 sekaligus. Gen bfpA dan stx1 lebih optimal jika diamplifikasi dengan suhu dan durasi denaturasi yang lebih tinggi, serta dengan suhu annealing yang lebih rendah jika dibandingkan dengan stx2. Kata kunci: PCR, EPEC, EHEC, Penjamah Makanan.
- Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) is known as the most common etiology of foodborne diarrhea. Food handlers play important role in the transmission of this disease, namely as the asymptomatic carriers of DEC. This study aimed to identify the presence of bfpA, stx1, and stx2 gene isolated from rectal swab specimens of food handlers, which would determine whether they asymptomatically carry these genes. This cross-sectional descriptive study used 17 Escherichia coli isolates collected as rectal swab specimens from food handlers residing in Denpasar, Bali in 2015. DNA extraction was then performed, followed by amplification by means of Polymerase Chain Reaction (PCR) to detect the presence of bfpA, stx1, and stx2 gene. Agarose gel electrophoresis was used to visualize the amplicons. In this study, no food handlers were detected as the carrier of bfpA which represented EPEC pathotype. Five food handlers were positive for carrying EHEC, where one carried only stx1 and four others carried stx2 only. There were no food handlers in which stx1 and stx2 were simultaneously detected. Both bfpA and stx1 gene achieved optimal amplification in higher denaturation temperature, longer denaturation period, and lower annealing temperature compared to stx2. Keywords: PCR, EPEC, EHEC, Food Handlers